LSDV Pipeline - IAEA
Introduction
Questa pipeline analizza campioni LSDV, identificando automaticamente il reference e ricostruendo la sequenza consensus.
- Pagina ufficiale del tool: To be added
- Autori: Graham Freimanis and Richard Orton
Lancia pipeline LSDV
Una volta selezionata la pipeline IAEA LSDV nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma che permetterà di procedere con la selezione dei parametri.
La pipeline IAEA LSDV comprende 3 fasi principali:
- Read trimming;
- Identificazione del miglior reference;
- Mapping.
Gli input utilizzabili sono raw reads in formato .fastq reads (.fastq.gz):
- step_0SQ_rawreads
Screenshot of input selection 
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine della sua esecuzione.
Cartella dei risultati
La cartella dei risultati, Result folder, è accessibile cliccando sul link presente all'interno della scheda dell'analisi, nella sezione Dati risultato. All'interno della conseguente cartella results, è possibile trovare 2 sotto-cartelle:
- meta: (metadati) in cui vengono salvati i file di log e di configurazione del processo eseguito;
- result: in cui sono salvati i files con i risultati prodotti dall'analisi.
I risultati prodotti dai tool della pipeline sono consultabili nella cartella result > LSDV-PIPELINE-RESULTS.
Visualizzazione dei dati
La pipeline genera una pagina web, in formato .html, che può essere aperta nel browser.