Glossario dei metadati
Nella tabella in basso sono riportate le colonne del modello dei metadati. Per ogni colonna del template scaricabile viene elencato il tipo di metadato richiesto e ne viene data una descrizione e una guida per la compilazione del modello.
Per una spiegazione sui limiti e le richieste riguardanti il file dei metadati e dei file da caricare, si faccia riferimento alla pagina Regole metadati e zip.
Nota: ogni profilo può effettuare upload di tipi specifici tra
officialeresearch(si veda la rigametadata_typenella tabella in basso). Il sistema non accetterà upload di tipi diversi da quelli consentiti a quel profilo.
| Titolo campo TSV | Metadato | Descrizione | Obbligatorio |
|---|---|---|---|
code |
Codice campione | Codice identificativo campione nel sistema del data provider | si |
species |
Specie patogeno | Indicare la specie del patogeno con codifica GENPAT | si |
material |
Materiale | Indicare il materiale del campione con codifica GENPAT | si |
sampling_point |
Luogo Prelievo | Indicare un codice di Luogo Prelievo presente in GENPAT. In caso di campioni ufficiali è possibile inviare il codice istat del comune | si |
sampling_point_address |
Luogo Prelievo | Indirizzo. Da usare in caso sia stat modalita_invio=semplificata | no |
sampling_point_note |
Luogo Prelievo | Utilizzare per indicare il tipo di struttura. In caso modalita_invio=semplificata | no |
sampling_date |
Data prelievo | Utilizzare dettaglio della data al giorno | si |
matrix |
Matrice di isolamento | Utilizzare codice EFSA FOODEX2 della matrice di isolamento. E' necessario specificare almeno il codice FOODEX2 base per alimento, mangimi, animale e ambiente. In particolare: Food (A0B6Z), Feed (A0BB9), Animals (A04SF), Environment (A0C5Y) | si |
host |
Specie host | Utilizzare codice EFSA FOODEX2. Specie dell’animale ospite. Da utilizzare in caso di matrice animale | no |
note |
Note aggiuntive | Testo libero opzionale. Utile a descrivere situazioni di anomalia o deviazioni | no |
md5_file_r1 |
file rawreads | MD5 checksum del file R1 delle raw reads o del singolo file in caso di sequenziamento single-end | Obbligatorio in caso di read_format=fasta e tipo di invio = Ufficiale |
md5_file_r2 |
file rawreads | MD5 checksum del file R2 delle raw reads | Obbligatorio in caso di sequenziamento pair-end e di read_format=fasta e tipo di invio = Ufficiale |
filename1 |
file rawreads | Nome file fasta in caso read_format=fasta, oppure nome file R1 delle raw reads o del singolo file in caso di sequenziamento single-end. In caso il campo code rappresenti un prefisso del nome file, questo campo può essere evitato. Esempi di nomi dei files corrispondenti ai diversi pattern con code="code": read_format=illumina_paired: "codeR1.fastq.gz" read_format=fastq_singleend: "code.fastq.gz" read_format=fasta: "code.fasta" |
no |
filename2 |
file rawreads | Nome file R2 in caso di sequenziamento pair-end. In caso il campo code rappresenti un prefisso del nome file, questo campo può essere evitato. Esempi di nomi dei files corrispondenti ai diversi pattern con code="code": read_format=illumina_paired: "codeR2.fastq.gz" |
no |
file_format |
Tipo di file inviato | Può assumere uno dei valori: fasta, fastq |
si |
seq_type |
Tecnologia di sequenziamento | Può assumere uno dei valori: "illumina_paired", "ion", "nanopore". Obbligatorio per tipo di invio = Ufficiale | conditional |
metadata_type |
Tipo di metadato inviato. Vengono eseguite validazioni diverse sui dati in base a questo campo | Può assumere il valore: "official" o "research" | si |