Controlli qualità del coverage
La tabella Controlli qualità del coverage fornisce informazioni sulla qualità dei mapping.
La tabella, oltre alle colonne Codice e Descrizione che si riferiscono all'identificativo del risultato dell'analisi, è composta dalle seguenti colonne di metadati: * Risultato analisi: codice del risultato dell'analisi (RIS_CD); * Campione Genpat: codice del campione (GENPAT_CD); * Campione DS: identificatico univoco interno del campione sequenziato; * Note: codice della sequenza reference utilizzata; * Coverage verticale: (o depth of coverage) è il numero di volte in cui il genoma viene coperto dalle read mappate, considerando la media di tutte le posizioni (coverage verticale medio); * Coverage orizzontale: (o breadth of coverage) è la percentuale di genoma coperta dal mapping delle read rispetto alla lunghezza del genoma reference; * Numero di read mappate: numero totale di read mappate sul reference; * Coverage verticale minimo: numero minimo di volte in cui una singola posizione viene coperta dalle read mappate; * Coverage verticale massimo: numero massimo di volte in cui una singola posizione viene coperta dalle read mappate; * %IUPAC: percentuale di caratteri IUPAC all'interno della sequenza ricostruita/assemblata; * %Ns: percentuale di caratteri IUPAC "N" all'interno della sequenza ricostruita/assemblata; * Lunghezza consensus: lunghezza della sequenza consensus ottenuta.
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