Controlli qualità delle read
La tabella Controlli qualità delle read fornisce le informazioni e le statistiche di qualità relative alle read grezze e alle read trimmate.
Le colonne dei metadati, oltre a Codice e Descrizione che si riferiscono all'identificativo del risultato dell'analisi, sono: * Risultato: codice del risultato (RIS_CD); * Campione Genpat: codice del campione (GENPAT_CD); * Numero totale di read grezze: numero totale delle read prima del trimming; * Numero totale di megabasi grezze: numero totale di nucleotidi nella sequenza grezza (in Mbp); * % di coppie di read con overlap dopo il trimming: percentuale di sovrapposizione, parziale o totale, tra le coppie di read dopo il trimming; * Coppie di read con Q30 dopo il trimming: coppie di read con qualità media (Phred score, Q) pari o superiore a 30 dopo il trimming; * Qualità media delle coppie di read dopo il trimming: qualità media delle coppie di read dopo il trimming; * Lunghezza media delle coppie di read dopo il trimming: lunghezza media delle coppie di read dopo il trimming; * Numero totale di megabasi nelle coppie di read dopo il trimming: numero di basi sequenziate nelle coppie di read rimaste dopo il trimming (in Mbp); * Numero totale di coppie di read dopo il trimming: numero totale delle coppie di read (paired-end) rimaste dopo il trimming; * Numero totale di read non accoppiate dopo il trimming: numero totale delle read (paired-end) singole rimaste dopo il trimming; * Numero totale di read scartate dopo il trimming: numero di read scartate dal processo di trimming; * Numero totale di read trimmate: numero di read dopo il trimming; * Qualità media delle read grezze: qualità media delle read prima del trimming (read grezze); * Read grezze con Q30: percentuale di read grezze con qualità media (Phred score, Q) pari o superiore a 30; * Lunghezza media delle read grezze; * Attenzione: codice dei controlli con risultati inferiori ai valori-soglia; * Fallito: codice del controllo fallito.