Modulo AMR
Introduzione
Il Modulo AMR identifica i geni correlati ad antibiotico-resistenza (AMR) usando sia ResFinder (su reads) e sia AMRfinderPlus (su contig FASTA generati da un assembly de novo).
Le raw reads vengono trimmate con fastp prima dell'esecuzione di Resfinder e assemblate con shovill prima dell'esecuzione di AMRfinderPlus.
Lancia Modulo AMR
Una volta selezionato il Modulo AMR, sarà possibile scegliere se eseguire AMRFinderPlus anche per geni aggiuntivi, oltre quelli correlati ad AMR, come geni di virulenza o di risposta allo stress. Il modulo effettua l'identificazione dei geni AMR lanciando i seguenti software:
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AMRFinderPlus - AMRFinderPlus identifica geni di resistenza antimicrobica, acquisiti in sequenze proteiche batteriche e/o in sequenze nucleotidiche assemblate, nonché mutazioni puntiformi note, associate alla resistenza, per diversi taxa.
Pagina GitHub di AMRFinderPlus: https://github.com/ncbi/amr/wiki/Running-AMRFinderPlus#usage
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ResFinder - identificazione dei geni di resistenza antimicrobica acquisiti.
Pagina GitHub di ResFinder: https://github.com/cadms/resfinder.
Gli input richiesti sono le sequenze in formato FASTQ, sia grezze che processate:
- step_0SQ_rawreads;
- step_1PP_trimming;
- step_1PP_hostdepl;
- step_1PP_downsampling;
- step_1PP_generated;
- step_1PP_filtering.
Come prerequisiti per il lancio di ResFinder e AMRfinderPlus, il modulo esegue anche il trimming (se vengono fornite reads non trimmate) e l'assembly de novo, con i software elencati di seguito:
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fastp - Pre-processamento all-in-one per i file FASTQ.
Pagina GitHub di fastp: https://github.com/OpenGene/fastp
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shovill - Pipeline per l'assemblaggio di genomi di isolati batterici provenienti da read paired-end Illumina.
Pagina GitHub di shovill: https://github.com/tseemann/shovill
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
Come riferimento per i risultati, si rimanda alle sezioni delle singole analisi che compongono la pipeline "Modulo AMR":