Pipeline Enterotoxin S. aureus Finder
Introduzione
La pipeline Enterotoxin Staphylococcus aureus Finder permette di identificare la presenza del gene codificante per enterotossina in S. aureus, eseguendo prima il de novo assembly (2AS_denovo), seguito dall'analisi di tipizzazione 4AN_AMR.
Lancia Pipeline Enterotoxin S. aureus Finder
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Enterotoxin S. aureus Finder nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
La pipeline Enterotoxin S. aureus Finder esegue:
- de novo assembly con Unicycler (2AS_denovo__unicycler)
- predizione della presenza del gene codificante l'enterotossina con blast (4AN_AMR__blast)
Gli input utilizzabili sono le reads trimmate derivanti da un'analisi di preprocessamento:
- reads deplete (step_1PP_hostdepl)
- downsampled reads (step_1PP_downsampling)
- reads trimmate (step_1PP_trimming)
- reads filtrate (step_1PP_filtering)
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
I files prodotti dalla pipeline "Enterotoxin S. aureus Finder" saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono, organizzati con la stessa gerarchia. Come riferimento si rimanda quindi alla relativa sezione delle singole analisi: