Pipeline Raw Read Processing
Introduzione
La pipeline Raw Read Processing esegue il preprocessamento delle reads (1PP), seguito dalla classificazione tassonomica.
Le reads prodotte dal sequenziatore vengono prima sottoposte ad un controllo della qualità con fastQC e al trimming con Trimmomatic (1PP_trimming); la successiva analisi tassonomica e l'assegnazione della specie calcolata vengono invece effettuate con Kraken (3TX_class).
Si ricorda che nell'analisi 1PP_trimming il controllo qualità viene eseguito con fastQC sia sulle raw reads che sulle reads trimmate ottenute.
La pipeline esegue le 2 analisi seguenti:
- Trimming delle raw reads per eliminare le basi con bassa qualità con trimmomatic (1PP_trimming__trimmomatic) e fastQC;
- Classificazione tassonomica dei batteri o virus individuati e controllo contaminazione con Kraken (3TX_class__kraken) e Quast. La classificazione con Kraken è responsabile dell'assegnazione della specie calcolata, sulla base della quale vengono automaticamente selezionate le pipeline a valle, se la pipeline Raw Read Processing viene eseguita da NGSmanager.
Lancia la pipeline Raw Read Processing
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Raw Read Processing nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
Gli input utilizzabili sono raw read in formato fastq (interne o importate).
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
I files prodotti dalla pipeline "Raw Read Processing" saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono, organizzati secondo la stessa gerarchia. Come riferimento, si rimanda quindi alle relative sezioni delle singole analisi: