4TY_MLST
Introduzione
4TY_MLST esegue il "Multi Locus Sequence Typing" in silico, assegnando sia il "Sequence Type (ST)" che il Complesso Clonale (CC), dove possibile.
Lancia analisi 4TY_MLST
Una volta selezionata l'analisi 4TY_MLST nella pagina dedicata al lancio di analisi, sarà possibile selezionare il tool bioinformatico ("metodo") da usare tra quelli disponibili. Il metodo utilizzabile per questa analsi è:
- mlst - In vitro Multi-Locus Sequence Typing
Pagina GitHub di mlst: https://github.com/tseemann/mlst
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
I possibili input possono provenire da:
- step_2MG_denovo
- step_2AS_denovo
- step_2AS_mapping
- step_2AS_import
Sarà necessario specificare le sequenze di input - provenienti da un assembly de novo o da un mapping - e indicare il genoma reference utilizzato per il mapping, se quest'ultimo viene selezionato come input.
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella dei risultati
Per consultare la guida sul download dei file dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella dei risultati, Result folder, è accessibile cliccando sul link presente all'interno della scheda dell'analisi, nella sezione Dati risultato. All'interno della conseguente cartella results, è possibile trovare 2 sotto-cartelle:
- meta: (metadati) in cui vengono salvati i file di log e di configurazione del processo eseguito;
- result: in cui sono salvati i files con i risultati prodotti dall'analisi.
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_mlst.tsv | risultato delle chiamate dei loci per il MLST | cartella "result" |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_mlst_cc.csv | risultato con l'assegnazione dei CC | cartella "result" |