4TY_MLST
Introduzione
4TY_MLST esegue il Multi Locus Sequence Typing in silico, assegnando sia il Sequence Type (ST) che il Clonal Complex (CC) dove possibile.
Lancia Analisi 4TY_MLST
Una volta selezionata l'analisi 4TY_MLST nella pagina dedicata al lancio di analisi, sarà possibile selezionare il software bioinformatico da usare tra quelli disponibili per l'analisi. Il tool utilizzabile per questa analisi è:
- mlst - In vitro Multi-Locus Sequence Typing
Pagina GitHub di mlsts: https://github.com/tseemann/mlst
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
I possibili input utilizzabili per 4TY_MLST sono:
- step_2MG_denovo
- step_2AS_denovo
- step_2AS_mapping
- step_2AS_import
Sarà necessario specificare le sequenze di input provenienti da de novo assembly o da mapping e il genoma reference usato per il mapping, nel caso venga selezionato quest'ultimo come input.
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella di output
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella di output può essere esplorata cliccando sul link prodotto dalla pagina di download o sul link presente all'interno della scheda dell'analisi. La cartella verrà visualizzata con la seguente gerarchia: results > ANNO > ID > 4TY_MLST > DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_mlst. Nella cartella sarà possibile trovare 2 directories:
- meta: ("metadata") in cui vengono salvati i files di log e di configurazione del processo eseguito.
- result: in cui sono salvati i files con i risultati prodotti dall'analisi.
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_mlst.tsv | risultato delle chiamate dei loci per il MLST | cartella result |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_mlst_cc.csv | risultato con l'assegnazione dei CC | cartella result |