Pipeline Typing su Batteri
Introduzione
La pipeline Typing su Batteri esegue in un unico lancio tutte le analisi di tipizzazione a cui vengono solitamente sottoposti i campioni di batteri.
La pipeline Typing su Batteri esegue le analisi seguenti:
- 3TX_species: calcolo della specie con kmerfinder per assegnare il "best reference" da usare per il mapping a valle. Quando eseguito da NGSmanager gli inputs sono gli scaffolds del de novo da Shovill (pipeline WGS su Batteri).
- 4AN_AMR: identificazione di geni correlati ad antibiotico-resistenza e virulenza.
- 4TY_flaA: determinazione della variante del locus flaA (solo per Campylobacter).
- 4TY_MLST: Multi-Locus Sequence Typing in silico con software MLST.
- 4TY_cgMLST: core-genome MLST con software ChewBBACA.
- 4TY_wgMLST: whole-genome MLST con software ChewBBACA.
- 4AN_genes: annotazione funzionale del genoma con Prokka.
Sulla base dei risultati di kmerfinder (3TX_species) viene inoltre eseguita:
- 2AS_mapping con Bowtie: il reference usato è quello identificato come "best reference" da kmerfinder, tra i genomi presenti nel database statico disponibile (kmerfinder).
Il software eseguito per le analisi 4TY_cgMLST e 4TY_wgMLST, quando lanciate tramite pipeline NGSmanager, è sempre ChewBBACA.
4TY_MLST_mlst viene eseguito se è disponibile lo schema per il microrganismo (la lista di schemi è consultabile nella guida ufficiale di mlst su GitHub); 4TY_flaA viene invece eseguito solo su Campylobacter.
Lancia Pipeline Typing su Batteri
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Typing su Batteri nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
Gli input utilizzabili sono le sequenze consensus (formato .fasta) prodotte dal mapping (2AS_mapping) o gli scaffolds del de novo assembly (2AS_denovo).
Nel caso vengano usati come input le sequenze consensus del mapping, sarà anche necessario specificare un genoma reference tra quelli disponibili.
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
I files prodotti dalla pipeline "Typing su Batteri" saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono, organizzati con la stessa gerarchia. Come riferimento si rimanda quindi alle relative sezioni delle singole analisi:
- Output dell'assegnazione della specie
- Output della predizione di antibiotico-resistenza e virulenza
- Output per la determinazione della variante del locus flaA
- Output del Multi-Locus Sequence Typing (MLST)
- Output del core-genome MLST (cgMLST)
- Output del whole-genome MLST (wgMLST)
- Output dell'annotazione del genoma
- Output del mapping sui risultati di kmerfinder