Giugno 2023
Versione 23.06.2
Per garantire uniformità di codifiche agli utenti esterni, nella piattaforma GenPat i metadati dei campioni ora aderiscono alle specifiche EFSA FOODEX2.
È stata implementata la categoria di "specie GenPat", che riporta i virus e batteri analizzati.
Nella sezione Campioni GenPat, nel campo "Specie" viene quindi ora riportato il risultato del mapping tra la specie di origine del campione e la specie propria dell'applicativo GenPat, ovvero con fonte "Genpat (Map da EFSA)". La specie patogena di origine rimane visibile nell'apposito campo "Specie Patogeno Origine", come mostrato nell'immagine seguente.
I casi di "MAPPING NON TROVATO" sono dovuti a specie contrassegante come "." o all'assegnazione di una Specie Patogeno diversa da una specie batterica o virale (ad esempio "BOVINO").
I casi di "NON RILEVANTE (PER METAGENOMICA)" sono dovuti a specie patogeno contrassegante come "TUTTE" e a materiale patogeno identificato come "ACIDO RIBONUCLEICO (RNA)".
È importante utilizzare la Specie GenPat (riconoscibile dal codice che termina con "G") anche negli upload.
È inoltre fondamentale riportare nei file per upload (CMP_ALIAS.csv) i relativi codici specie della fonte "GenPat (Map da EFSA)". Ad esempio, nel file di upload per Listeria, il codice della specie deve essere "86G" (corrispondente alla fonte GenPat) e non con "86".
Su campioni GenPat è stato inoltre implementato il mapping di specie, host e matrice come da indicazioni EFSA Foodex2. Restano visibili comunque anche le informazioni di host e matrice originali (antecedenti al mapping con EFSA), indicati con le etichette "Matrice origine" e "Host origine".
Sono state aggiunte le seguenti informazioni nella sezione "Campioni GenPat", consultabili attivando la colonna appropriata:
- "Comune Luogo Prelievo" e "Provincia Luogo Prelievo";
- "Tipologia Motivo", da dove è possibile capire se un campione appartiene o meno ad un motivo ufficiale.
Le informazioni disponibili nella sezione "Alias" rimangono invariate (così come indicate in origine).
Versione 23.06.1
In quest'ultimo rilascio è stato introdotto un sistema automatico all'interno del lancia analisi che permette di visualizzare, per i tool che hanno una pagina wiki dedicata, una breve descrizione estratta dalla documentazione insieme ad un link diretto ad essa.