Controlli qualità della specie

La tabella Controlli qualità della specie fornisce le informazioni relative ai controlli di specie effettuati con (tipizzazione in silico).

Le colonne dei metadati, oltre a Codice e Descrizione che si riferiscono all'identificativo del risultato dell'analisi, sono:

Risultato: codice del risultato (RIS_CD);
Campione Genpat: codice GENPAT_CD del campione;
Specie Assegnata: la specie batterica assegnata da KmerFinder;
Miglior template batterico: miglior template batterico assegnato da KmerFinder;
Verifica della presenza di specie batteriche: controllo della presenza di sequenze di origine batterica;
Identificativo del miglior template batterico: identificativo del miglior reference batterico nel database GenPat;
Descrizione del batterio: nome e tipo del batterio;
Coverage orizzontale del miglior template batterico: percentuale della sequenza ottenuta utilizzando, come reference, il miglior template batterico individuato;
% di K-mer assegnati al miglior template batterico: percentuale di k-mer assegnati al miglior template batterico .

Piattaforma GenPat, Wiki