AIV Pipeline - IAEA
Introduzione
Questa pipeline elabora campioni di virus dell'influenza aviaria, determinando automaticamente la sequenza reference per ciascun segmento e ricostruendo la sequenza consensus corrispondente.
- Pagina ufficiale del tool: To be added
- Autori: Graham Freimanis e Richard Orton
Come eseguire la pipeline
Una volta selezionata l'analisi IAEA AIV pipeline nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma che permetterà di procedere con la selezione dei parametri.
La IAEA AIV pipeline prevede 3 fasi principali:
- trimming delle read;
- identificazione del miglior reference;
- calcolo del lineage e mapping.
Gli input richiesti sono raw reads in formato FASTQ (.fastq.gz):
- step_0SQ_rawreads
Screenshot della selezione degli input 
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di verificare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella dei risultati
La cartella dei risultati, Result folder, è accessibile cliccando sul link presente all'interno della scheda dell'analisi, nella sezione Dati risultato. All'interno della conseguente cartella results, è possibile trovare i files prodotti dalla pipeline "IAEA AIV" che saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono:
Data visualization
La pipeline produce alcuni file di reportistica in formato .html che possono essere visualizzati attraverso il browser.