4TY_plasmid
Introduzione
L'analisi 4TY_plasmid esegue il software MOB-Suite per tipizzare e ricostruire le sequenze plasmidiche, a partire dagli assembly delle sequenze generate da Whole Genome Sequencing (WGS).
Pagina GitHub di MOB-Suite: https://github.com/phac-nml/mob-suite
Lancia analisi 4TY_plasmid
Una volta selezionata l'analisi 4TY_plasmid nella pagina dedicata al lancio di analisi, sarà possibile selezionare il software bioinformatico ("metodo") da usare tra quelli disponibili. Il metodo utilizzabile per questa analisi è MOB-Suite - Strumenti software per il clustering, la ricostruzione e la tipizzazione di plasmidi a partire da assembly preliminari. assemblies.
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
I possibili input possono provenire da:
- step_2MG_denovo
- step_2AS_denovo
- step_2AS_mapping
- step_2AS_hybrid
- step_2AS_import
Sarà necessario specificare le sequenze di input - provenienti da un assembly de novo o da un mapping - e indicare il genoma reference utilizzato per il mapping, se quest'ultimo viene selezionato come input.
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella dei risultati
Per consultare la guida sul download dei file dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella dei risultati, Result folder, è accessibile cliccando sul link presente all'interno della scheda dell'analisi, nella sezione Dati risultato. All'interno della conseguente cartella results, è possibile trovare 2 sotto-cartelle:
- meta: (metadati) in cui vengono salvati i file di log e di configurazione del processo eseguito;
- result: in cui sono salvati i files con i risultati prodotti dall'analisi.
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_mobsuite_chromosome.fasta | fasta con i contigs appartenenti al cromosoma | cartella "result" |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_mobsuite_contig_report.txt | file tabulare con l'assegnazione dei contig al cromosoma o ad un gruppo plasmidico | cartella "result" |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_mobsuite_mge.report.txt | HSP di BLAST per elementi genetici mobili (MGE) ed elementi ripetuti | cartella "result" |