4TY_plasmid
Introduzione
L'analisi 4TY_plasmid esegue il software MOB-Suite per tipizzare e ricostruire le sequenze plasmidiche, a partire dagli assembly da Whole Genome Sequencing (WGS).
Pagina GitHub di MOB-Suite: https://github.com/phac-nml/mob-suite
Lancia Analisi 4TY_plasmid
Una volta selezionata l'analisi 4TY_plasmid nella pagina dedicata al lancio di analisi. Il software bioinformatico disponibile per l'analisi è MOB-suite - Software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies.
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
I possibili input utilizzabili per 4TY_plasmid sono:
- step_2MG_denovo
- step_2AS_denovo
- step_2AS_mapping
- step_2AS_hybrid
- step_2AS_import
Sarà necessario specificare le sequenze di input provenienti da de novo assembly o da mapping e il genoma reference usato per il mapping, nel caso venga selezionato quest'ultimo come input.
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella di output
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella di output può essere esplorata cliccando sul link prodotto dalla pagina di download o sull'apposito tasto all'interno della scheda dell'analisi. Nella cartella sarà possibile trovare 2 directories:
- meta: ("metadata") in cui vengono salvati i files di log e di configurazione del processo eseguito.
- result: in cui sono salvati i files con i risultati prodotti dall'analisi.
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_mobsuite_chromosome.fasta | fasta con i contigs appartenenti al cromosoma | cartella result |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_mobsuite_contig_report.txt | file tabulare con l'assegnazione dei contig al cromosoma o ad un gruppo plasmidico | cartella result |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_mobsuite_mge.report.txt | blast HSP degli elementi ripetuti e degli elementi genetici mobili (MGE) rilevati | cartella result |