4AN_AMR
Introduzione
L'accertamento 4AN_AMR (Anti-Microbial Resistance) predice la presenza di geni correlati ad antibiotico-resistenza e di geni di virulenza nella sequenza ricostruita dell'organismo di interesse.
Lancia Analisi 4AN_AMR
Una volta selezionata l'analisi 4AN_AMR nella pagina dedicata al lancio di analisi, sarà possibile selezionare il software bioinformatico (anche detto "metodo") da usare tra quelli disponibili per l'analisi. In basso sono elencati i metodi utilizzabili per questo accertamento.
Per tutti i microrganismi:
- ABRicate - Mass screening of contigs for antimicrobial resistance or virulence genes
Pagina GitHub di ABRicate: https://github.com/tseemann/abricate
Per tutti i microrganismi:
- AMRFinderPlus - AMRFinderPlus identifies acquired antimicrobial resistance genes in bacterial protein and/or assembled nucleotide sequences as well as known resistance-associated point mutations for several taxa
Pagina GitHub di AMRFinderPlus: https://github.com/ncbi/amr/wiki/Running-AMRFinderPlus#usage
Solo per Klebsiella Pneumonie (ma anche K. oxytoca e Escherichia genus):
- Kleborate - a tool to screen genome assemblies of Klebsiella pneumoniae and the Klebsiella pneumoniae species complex (KpSC)
Pagina GitHub di Kleborate: https://kleborate.readthedocs.io/en/latest/Usage.html
Solo per Listeria monocytogenes:
- ResFinder - identification of acquired antimicrobial resistance genes
Pagina GitHub di ResFinder: https://github.com/cadms/resfinder
Solo per Staphylococcus aureus:
- BLAST - Basic Local Alignment Search Tool (blast) finds regions of similarity between biological sequences
Pagina GitHub di BLAST: https://github.com/ncbi/blast_plus_docs
Solo per Campylobacter:
- staramr - (*AMR) compiles a summary report of detected antimicrobial resistance genes
Pagina GitHub di staramr: https://github.com/phac-nml/staramr
Per 4AN_AMR sarà necessario specificare le sequenze di input provenienti da de novo assembly o da mapping e il genoma reference usato per il mapping, nel caso venga selezionato quest'ultimo come input.
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
I possibili input utilizzabili per 4AN_AMR sono:
- step_2AS_mapping
- step_2AS_denovo
- step_2MG_denovo
- step_2AS_import
In aggiunta ai tools per l'indagine di Anti-Microbial Resistance, tra i softwares disponibili è elencato anche "Filtering", che non esegue l'AMR, bensì filtra i risultati dell'AMR (eseguita con uno degli altri programmi disponibili) in base ai parametri di coverage e di identità specificati. Gli input utilizzabili sono step_3TX_species__vdabricate e step_4AN_AMR__abricate.
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella di output
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella di output può essere esplorata cliccando sul link prodotto dalla pagina di download o sul link presente all'interno della scheda dell'analisi. La cartella verrà visualizzata con la seguente gerarchia: results > ANNO > ID > 4AN_AMR > DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_abricate, dove "_abricate" può essere sostituito con il nome del tool utilizzato. Nella cartella sarà possibile trovare le 2 directories:
- meta: ("metadata") in cui vengono salvati i files di log e di configurazione del processo eseguito.
- result: in cui sono salvati i files con i risultati prodotti dall'analisi.
Le tabelle sottostanti elencano i files prodotti dai tools disponibili per 4AN_AMR.
ABRicate
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_abricate_calls.txt | file con risultati dell'allineamento geni, coverage e chiamate dei database | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_abricate.summary | file riassuntivo di abricate con gene e relativo coverage | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_output_abricate_AMR.csv | file riassuntivo delle antibiotico-resistenze | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_output_abricate_VF.csv | file riassuntivo dei geni di virulenza | cartella results |
Per ogni campione nel file .summary, può essere presente un numero riportato nella colonna dei geni. Tale numero indica che il gene corrispondente è presente con un coverage orizzontale pari al valore riportato. Nel caso di geni frammentati, per lo stesso gene saranno elencati più numeri separati da ";", corrispondenti ai diversi contigs del de novo assembly che hanno prodotto un match per quel gene.
Per ulteriori dettagli riguardo i files prodotti da abricate, si invita a consultare il manuale di ABRicate.
BLAST
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_blast_out.tsv | tabella tsv dei risultati di BLAST | cartella results |
staramr
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_staramr_detailed_summary.tsv | tabella tsv dei risultati organizzati per data type (gene di resistenza/plasmite/schema MLST...) | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_staramr_mlst.tsv | risultati dello schema MLST di 7 alleli per i geni nei loci specifici della specie + Sequence Type (ST) | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_staramr_plasmidfinder.tsv | risultati tsv con le sequenze appartenenti a plasmidi identificati | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_staramr_pointfinder.tsv | risultati dell'AMR in formato tsv con posizione Pointfinder | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_staramr_resfinder.tsv | risultati della predizione di resistenze e dell'allineamento geni di resistenza | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_staramr_results.xlsx | risultati dell'AMR in formato foglio di calcolo | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_staramr_summary.tsv | risultati dell'AMR in formato tsv | cartella results |
ResFinder
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_resfinder_ResFinder_Hit_in_genome_seq.fsa | file fasta con la sequenza del/i gene/i di resistenza identificati nel genoma del campione con header esteso | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_resfinder_ResFinder_Resistance_gene_seq.fsa | file fasta con la sequenza del/i gene/i di resistenza identificati nel genoma del campione con header ridotto | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_resfinder_ResFinder_results.txt | file di testo con tabella riassuntiva ed identità di sequenza | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_resfinder_ResFinder_results_tab.txt | files tsv con l'elenco dei geni di resistenza identificati (elenca solo i geni presenti) | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_resfinder_ResFinder_results_table.txt | files di testo con l'elenco dei geni di resistenza (specifica sia i geni presenti che quelli non rinvenuti) | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_resfinder_pheno_table.txt | file di testo con i risultati e tabella dei fenotipi | cartella results |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_resfinder_std_format_under_development.json | cartella results |