Submission a EFSA
Profili autorizzati possono utilizzare la piattaforma per gestire la selezione e l’approvazione dei campioni da inviare a EFSA.
Il processo si svolge in diverse fasi e coinvolge due gruppi principali:
Processo di invio ad EFSA (per i Laboratori di Referenza)
1. Approvazione
Se hai i permessi necessari, troverai la voce Invia per approvazione nel menu contestuale della pagina Campioni.
Tramite questa opzione, puoi inviare una selezione di campioni, per approvazione, al tuo EFSA Country Officer il quale potrà approvare o rifiutare l’invio ad EFSA.
Le submission di campioni in stato di In approvazione, Approvate per invio e/o Non approvate sono elencate nelle relative sezioni, raccolte sotto la voce Submission EFSA, nel menu di navigazione laterale.
Solo le submission di campioni con lo stato Approvate per invio potranno essere effettivamente trasmesse ad EFSA.
2. Invio ad EFSA
All’interno della sezione Submission EFSA del menu di navigazione laterale, la pagina 2 - Approvate per invio permette di selezionare i campioni da inviare e, successivamente, di cliccare su Invia ad EFSA.
Si aprirà una modale che richiede l’inserimento di un token di autorizzazione fornito da EFSA.
A seguito dell’invio, viene generata una scheda che consente di monitorare lo stato della submission e visualizzare eventuali report relativi all’invio.
Le submission completate sono raccolte all’interno della pagina 4 - Inviate ad EFSA, sempre sotto la voce Submission EFSA nel menu di navigazione laterale.
Processo di approvazione (EFSA Country Officer)
Un utente con profilo EFSA Country Officer riceverà una notifica che segnala la presenza di campioni da approvare per l’invio ad EFSA.
Seguendo il link nella notifica, l'utente accede alla pagina 1 - Da approvare, sotto la voce Submission EFSA del menu di navigazione laterale.
In questa pagina, l'utente troverà la lista dei campioni in attesa di approvazione; selezionandoli e cliccando su Modifica stato submission sarà possibile approvare o non approvare la richiesta.
Di seguito, un breve video su come modificare lo stato di una submission e visualizzare lo stato delle approvazioni e delle submission in piattaforma.
Dettaglio campioni
All'interno delle viste disponibili nel menu laterale, sotto la voce EFSA Submission, sono riportate informazioni riassuntive sui campioni, quali la specie, lo stato del processo di invio e le informazioni temporali.
Per maggiori dettagli sui campioni e sui metadati associati, si prega consultare la sezione Campioni disponibile sotto Elementi principali nel menu di navigazione laterale.
In questa pagina, l'utente può trovare un elenco completo di tutti i campioni (inviati ad EFSA, in approvazione, non approvati o approvati) con tutti i metadati collegati; da questa pagina è, inoltre, possibile applicare filtri base o avanzati per visualizzare dettagli specifici o eseguire esportazioni mirate. Per guide dettagliate su queste funzionalità, vi invitiamo a consultare la sezione Caratteristiche delle tabelle del wiki.
Nella sezione Campioni è presente un filtro avanzato predefinito Inviate ad EFSA che filtra la tabella mostrando appunto tutti i campioni inviati ad EFSA. Questo filtro è accesibile cliccando sull'icona a forma di imbuto posizionata immediatamente sopra la tabella.
Confronto tra campioni presenti su WGS Portal e campioni presenti in piattaforma
Questa sezione spiega come confrontare i campioni disponibili su WGS Portal (Interfaccia WEB del One-Health WGS System di EFSA) con quelli registrati in piattaforma, evidenziando le differenti tipologie di invio gestite dai due sistemi.
Nota: applica sempre il filtro Show privates su WGS Portal prima di iniziare il confronto: senza questo filtro vedresti anche i campioni pubblici e lo scostamento risulterebbe ancora più marcato.
Differenze generali
Dopo aver abilitato Show privates, è normale riscontrare una discrepanza tra il numero di campioni mostrati su WGS Portal e quelli visibili sulla nostra piattaforma. Lo scostamento dipende dall’origine dei dati e dai flussi con cui i campioni sono stati caricati nel tempo.
Possibili discriminanti
Nel portale possono comparire campioni con codice MIG- e EFSA-:
- i campioni
MIG-sono di record importati da EFSA nel sistema WGS Portal prima dell’attivazione del flusso di alimentazione. Questi non sono presenti in piattaforma; - i campioni con prefisso
EFSA-sono quelli inseriti nel WGS Portal dopo attivazione del flusso di alimentazione. Fra questi vi sono tipologie diverse di sequenze in base al tipo di alimentazione, come riportato in basso.
Attualmente riconosciamo quattro modalità con cui i campioni sono arrivati a EFSA:
1. Migrazione EFSA
- Inserimenti manuali effettuati da EFSA alla prima attivazione del WGS Portal.
- Identificativo tipico:
MIG-. - Disponibili solo su WGS Portal (campo Code =
MIG-***).
2. Invii pre-piattaforma
- Submission manuali dei data provider prima dell’introduzione del flusso gestito tramite la nostra piattaforma.
- Identificativo tipico:
EFSA-. - Visibili su WGS Portal; non sempre presenti o allineati in GenPat.
3. EFSA Submission tramite piattaforma
- Flusso ufficiale e più recente, gestito tramite la nostra piattaforma.
- Identificativo tipico:
EFSA-. - La lista completa è disponibile in piattaforma all'interno della pagina Inviate ad EFSA; i corrispondenti campioni sono presenti anche su WGS Portal.
4. Inserimenti diretti EFSA
- EFSA carica direttamente i campioni sul WGS Portal, senza passare da GenPat.
- Identificativo tipico:
EFSA-. - Sul WGS Portal il campo Submitter è impostato a
EFSA.
Tabella riassuntiva
| Tipo di invio | Descrizione | Code | Origine dei dati | Dove trovarli |
|---|---|---|---|---|
| Migrazione EFSA | Record caricati da EFSA all’attivazione del WGS Portal | MIG- |
EFSA → WGS Portal | WGS Portal (Code = MIG-) |
| Pre-piattaforma | Invii manuali dei data provider precedenti a GenPat | EFSA- |
Data provider → EFSA | WGS Portal |
| Inserimenti diretti EFSA | Campioni caricati da EFSA sul WGS Portal | EFSA- |
EFSA → WGS Portal | WGS Portal (Submitter = EFSA) |
| EFSA Submission tramite GenPat | Flusso gestito dalla piattaforma GenPat | EFSA- |
Data provider → Piattaforma → EFSA | GenPat (Inviate ad EFSA) + WGS Portal |
Importante: i campioni inviati dai data provider italiani verso EFSA hanno un identificativo che inizia con il prefisso
EFSA-.
In sintesi
- Controlla sempre il campo Submitter su WGS Portal per capire chi ha caricato il campione.
- I campioni con
MIG-provengono dalla migrazione iniziale di EFSA e non sono presenti in piattaforma. - Per confrontare correttamente i dati, considera la data di introduzione dei diversi flussi e la modalità di invio associata a ciascun codice.