QC Quast
Introduzione
QC Quast fa parte della sottocategoria di analisi per il controllo qualità (Quality Check, QC); essa esegue il software Quast sui file dell'assembly (o assembly ibrido).
Pagina ufficiale GitHub di Quast https://github.com/ablab/quast
Lancia la pipeline Quast
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline QC Quast nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
Gli input utilizzabili sono file provenienti dagli assembly:
- assembly de novo (step_2AS_denovo);
- assembly ibrido (step_2AS_hybrid);
- assembly de novo da campioni di metagenomica (step_2MG_denovo).
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
I files prodotti dalla pipeline QC Quast saranno gli stessi prodotti dallo stesso tool all'interno delle analisi che lo usano, come software, per il controllo qualità. Per consultare i risultati di Quast si invita quindi a fare riferimento alla tabella disponibile nel seguente link agli outputs di 2AS_denovo: