4TY_ML
Introduzione
L'analisi ML (Machine Learning) consente di effettuare la predizione della sorgente alimentare (Source Attribution) di L. monocytogenes. L'analisi usa un classificatore binario (sorgenti predette: "meat" o "non-meat"), prodotto come deliverable del progetto di ricerca corrente.
Lancia Analisi 4TY_ML
L'analisi 4TY_ML prevede l'uso di un modello già pre-addestrato come source-classifier, disponibile attualmente solo per L. monocytogenes. La classificazione per fenotipo sarà binaria, ovvero il modello è addestrato per predire quali campioni, tra le L. monocytogenes date in input, proviene da una matrice alimentare "carne" e quali da una matrice "non carne". La predizione si basa sulla matrice di alleli da cgMLST.
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
I possibili input utilizzabili per 4TY_ML sono:
Entrambi i tipi di input prevedono l'uso di ChewBBACA come software di esecuzione, inoltre per 4TY_cgMLST è possibile usare alternativamente la versione 2.8.4 con schema Pasteur o 2.8.5 con schema crc32.
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella di output
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella di output può essere esplorata cliccando sul link prodotto dalla pagina di download o sul link presente all'interno della scheda dell'analisi. La cartella verrà visualizzata con la seguente gerarchia: results > ANNO > ID > 4TY_ML > DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_source_classifier. Nella cartella sarà possibile trovare 2 directories:
- meta: ("metadata") in cui vengono salvati i files di log e di configurazione del processo eseguito.
- result: in cui sono salvati i files con i risultati prodotti dall'analisi.
Nella tabella seguente è riportata la posizione ed una breve descrizione dei principali files prodotti dall'analisi.
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_source_classifier.tsv | tabella tsv con i risultati della predizione per il campione | cartella result |
| metadata.csv | tabella csv dei metadati dei campioni usati come input | cartella results |
Visualizzazione dei risultati
I risultati dell'analisi 4TY_ML possono essere visualizzati anche tramite un'apposita tabella di check, ovvero Check ML, disponibile sotto Reports > Dettaglio > Checks > Check ML del menù di navigazione laterale.