Upload
La procedura di upload permette di caricare in piattaforma delle sequenze dal proprio computer. Essa consiste di tre fasi:
Le prime due fasi richiedono delle azioni da parte dell'utente, mentre la terza avviene automaticamente al completamento del caricamento dei file.
Tramite la pagina di Upload (Uploads > Upload del menù di navigazione laterale), è possibile dunque compilare e validare metadati e caricare file .fasta o .fastq, compressi in un unico file in formato .zip.
Preparazione e caricamento dei metadati
Nella pagina di Upload (Uploads > Upload del menù di navigazione laterale), è possibile aggiungere delle schede contenenti i metadati dei campioni, tramite due diversi metodi:
I metadati caricati verranno validati dal sistema, che effettuerà anche un controllo sui metadati minimi obbligatori: lo stato di validazione sarà visibile nella colonna omonima.
Aggiungi metadati da form
Il metodo Aggiungi da form consente di creare manualmente ed in modo rapido una scheda da associare ad un singolo campione. La scheda creata dovrà essere riempita dall'utente con i metadati del campione a cui fa riferimento, inserendo almeno i metadati obbligatori.
Tip! Consulta il glossario dei metadati per capire i tipi di metadati richiesti e relative descrizioni. Troverai anche una guida per la compilazione del modello.
Il video seguente dà una rapida dimostrazione di come compilare una scheda con i metadati di un singolo campione, insieme ad alcune utili funzionalità della gestione dei metadati tramite scheda.
Tip! Le schede dei metadati possono essere modificate da interfaccia, a prescindere dal metodo originariamente usato per caricare i metadati sulla piattaforma.
Aggiunta punto prelievo
Per quanto rigurda il campo sampling_point, se si hanno i permessi necessari è disponibile una funzionalità che permette di aggiungere un punto prelievo da sorgenti esterne, quando non presente nella piattaforma. Per maggiori dettagli è possibile visitare la sezione dedicata di questo wiki: Punto Prelievo.
Aggiungi metadati da file
Il metodo Aggiungi da file consente di caricare un file tabulare, contenente la lista di campioni di cui eseguire l'upload, insieme ai rispettivi metadati.
Il video seguente mostra come caricare un file di metadati per uno o più campioni.
Modelli di files dei metadati
Qui sotto sono disponibili i modelli dei files dei metadati da scaricare:
Una descrizione delle colonne dei metadati è disponibile nel glossario dei metadati.
Tip! Se non conosci i codici identificativi dei metadati, puoi caricare un record manualmente per poi fare un export del template con le funzioni presenti nel menu contesutale
della tabella.
Caricamento delle sequenze
Per poter accedere al form di caricamento dei file è necessario che siano presenti dei metadati validi corrispondenti ai files che si intende caricare sulla piattaforma. Se tale condizione è rispettata, l'utente potrà procedere con l'upload.
Sarà sufficiente selezionare un file in formato .zip contenente le sequenze da caricare (tramite funzione drag-and-drop o cliccando nell'apposita area).
Puoi trovare un approfondimento sulle regole di preparazione dei file di sequenze da caricare sul paragrafo files delle sequenze della sezione regole metadati e zip.
In aggiunta, l'utente può specificare se eseguire automaticamente la pipeline corrispondente alla tipologia di campione tramite il toggle Processa upload.
Il video seguente dimostra come usare le funzionalità di upload.
Importante! Il caricamento dei file può richiedere del tempo. Chiudere la finestra o lasciare la pagina durante il processo di caricamento interrompe l'upload.
Sequenze accettate
Le sequenze accettate ricadono in una delle 4 seguenti tipologie:
- Fasta, per l'upload diretto di sequenze in formato fasta.
- Raw reads Illumina, per l'upload di raw reads fastq da apparati Illumina, di tipologia short paired-end reads.
- Raw reads Iontorrent, per l'upload di raw reads fastq da apparati Iontorrent, di tipologia long single-end read.
- Raw reads Nanopore, per l'upload di raw reads fastq da apparati Nanopore, di tipologia long single-end read.
La tipologia di file e la tecnologia o apparato di sequenziamento utilizzati per produrlo dovranno essere specificati nelle apposite colonne del file dei metadati, come descritto nel glossario dei metadati.
Processamento dei file
Al termine del caricamento dei files, il processo di upload non è ancora concluso ed è possibile controllare il suo stato in Controllo upload.
Quando tutti i processi relativi al caricamento dei files saranno stati completati sarai avvisato tramite una notifica.