Upload
La procedura di upload permette di caricare in piattaforma sequenze dal proprio computer. Essa consiste di tre fasi:
Le prime due fasi richiedono delle azioni da parte dell'utente, mentre la terza avviene automaticamente al completamento del caricamento dei file.
Tramite la pagina di Upload (Upload > Upload del menù di navigazione laterale), è possibile compilare e validare metadati e caricare file .fasta o .fastq, compressi in un unico file in formato .zip.
Preparazione e caricamento dei metadati
Nella pagina di Upload (Upload > Upload del menù di navigazione laterale), è possibile aggiungere (+ in alto a sinistra) delle schede contenenti i metadati dei campioni, scegliendo tra due diverse opzioni:
I metadati caricati verranno validati dal sistema che effettuerà anche un controllo sui metadati minimi obbligatori; lo stato di validazione sarà visibile nella colonna omonima.
Aggiungi metadati dal form
L'opzione Aggiungi da form consente di creare, manualmente ed in modo rapido, una scheda da associare ad un singolo campione. La scheda creata dovrà essere riempita, dall'utente, con i metadati del campione al quale fa riferimento, inserendo almeno i metadati obbligatori.
Un consiglio!: Consulta il glossario dei metadati per capire il tipo di metadati richiesti e le relative descrizioni. Troverai anche una guida per la compilazione del form.
Il video seguente dà una rapida dimostrazione di come compilare una scheda con i metadati di un singolo campione, insieme ad alcune utili funzionalità della gestione dei metadati tramite scheda.
Nota: Le schede dei metadati possono essere modificate dall'interfaccia, a prescindere dal metodo originariamente usato per caricare i metadati sulla piattaforma.
Aggiunta di un punto prelievo
Per quanto rigurda il campo sampling_point, se si hanno i permessi necessari, è disponibile una funzionalità che permette di aggiungere un punto prelievo da sorgenti esterne, quando non presente nella piattaforma. Per maggiori dettagli, è possibile visitare la sezione dedicata di questo wiki: Punto Prelievo.
Aggiungi metadati da file
L'opzione Aggiungi da file consente all'utente di caricare un file tabulare, contenente la lista di campioni di cui eseguire l'upload, insieme ai rispettivi metadati.
Il video seguente mostra come caricare un file di metadati per uno o più campioni.
Modelli di file dei metadati
Qui sotto sono disponibili i modelli dei file dei metadati da scaricare:
Una descrizione delle colonne dei metadati è disponibile nel glossario dei metadati.
Un consiglio: Se non conosci i codici identificativi dei metadati, puoi caricare un record manualmente per poi fare un export del template con le funzioni presenti nel menu contestuale
della tabella.
Caricamento delle sequenze
Per poter accedere al form di caricamento dei file è necessario che siano presenti dei metadati validi, corrispondenti ai files che si intende caricare sulla piattaforma. Se tale condizione è rispettata, l'utente potrà procedere con l'upload.
Sarà sufficiente selezionare un file in formato .zip contenente le sequenze da caricare (tramite funzione drag-and-drop o cliccando nell'apposita area).
Puoi trovare un approfondimento sulle regole di preparazione dei file di sequenze da caricare sul paragrafo file delle sequenze della sezione regole dei metadati e dei file .zip.
In aggiunta, l'utente può specificare se eseguire automaticamente la pipeline corrispondente alla tipologia di campione tramite il pulsante Processa upload.
Il video seguente dimostra come usare le funzionalità di upload.
Importante! Il caricamento dei file può richiedere del tempo. Chiudere la finestra o lasciare la pagina, durante il processo di caricamento, interromperebbe l'upload.
Sequenze accettate
Le sequenze accettate ricadono in una delle 4 seguenti tipologie:
- Fasta, per l'upload diretto di sequenze in formato fasta;
- Raw reads Illumina, per l'upload di raw reads fastq, di tipologia short paired-end, provenienti da dispositivi Illumina;
- Raw reads Iontorrent, per l'upload di raw reads fastq, di tipologia long single-end, provenienti da dispositivi Iontorrent;
- Raw reads Nanopore, per l'upload di raw reads fastq, di tipologia long single-end, provenienti da dispositivi Nanopore.
La tipologia di file e la tecnologia o apparato di sequenziamento, utilizzati per produrlo, dovranno essere specificati nelle apposite colonne del file dei metadati, come descritto nel glossario dei metadati.
Processamento dei file
Al termine del caricamento dei file, il processo di upload non è ancora concluso ed è possibile verificarne lo stato in Controllo degli upload.
Quando tutti i processi relativi al caricamento dei file saranno stati completati sarai avvisato tramite una notifica.