Pipeline WNV (West Nile Virus)
Introduzione
La pipeline "WNV - Lineage Calculation and Mapping" calcola il lineage per West Nile Virus e ne effettua il mapping contro il reference corrispondente.
Lancia Pipeline WNV
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline WNV nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
La pipeline WNV esegue le analisi:
- Calcolo del lineage di West Nile Virus con Westnile (4TY_lineage__westnile)
- Mapping con Ivar (2AS_mapping__ivar) di tutti i segmenti di genoma da virus segmentati forniti, usando più references
Gli input utilizzabili sono i risultati delle analisi di preprocessamento:
- reads deplete (step_1PP_hostdepl)
- downsampled reads (step_1PP_downsampling)
- reads trimmate (step_1PP_trimming)
- reads filtrate (step_1PP_filtering)
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Il reference usato per la fase di mapping sarà il genoma base associato al lineage assegnato da Westnile, secondo le corrispondenze riportate nella tabella sottostante:
| lineage assegnato | reference |
|---|---|
| lin. 1 | FJ483548.1 |
| lin. 2 | HQ537483.1 |
| lin. 3 | AY765264.1 |
| lin. 4 | AY277251.1 |
| lin. 5 | GQ851605.1 |
| lin. 6 | GU047875.1 |
| lin. 7 | KY703855.1 |
| lin. 8 | KY703856.1 |
| lin. 9 | KJ831223.1 |
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
I files prodotti dalla pipeline "WNV" saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono, organizzati con la stessa gerarchia. Come riferimento si rimanda quindi alle relative sezioni delle singole analisi.