Pipeline WNV (West Nile Virus)
Introduzione
La pipeline WNV - Lineage Calculation and Mapping calcola il lineage per West Nile Virus ed effettua il mapping del campione contro il reference corrispondente.
Lancia la pipeline WNV
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline WNV nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
La pipeline WNV si compone di due fasi:
- Calcolo del lineage di West Nile Virus con Westnile (4TY_lineage__westnile);
- Mapping con Ivar (2AS_mapping__ivar) di ogni segmento di genoma contro il suo reference appropriato.
Gli input utilizzabili sono i risultati delle analisi di preprocessamento:
- reads deplete (step_1PP_hostdepl);
- downsampled reads (step_1PP_downsampling);
- reads trimmate (step_1PP_trimming);
- reads filtrate (step_1PP_filtering).
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Il reference usato per la fase di mapping sarà il genoma base associato al lineage assegnato da Westnile, secondo le corrispondenze riportate nella tabella sottostante:
| lineage assegnato | reference |
|---|---|
| lin. 1 | FJ483548.1 |
| lin. 2 | HQ537483.1 |
| lin. 3 | AY765264.1 |
| lin. 4 | AY277251.1 |
| lin. 5 | GQ851605.1 |
| lin. 6 | GU047875.1 |
| lin. 7 | KY703855.1 |
| lin. 8 | KY703856.1 |
| lin. 9 | KJ831223.1 |
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
I files prodotti dalla pipeline WNV saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono, organizzati secondo la stessa gerarchia. Come riferimento, si rimanda quindi alle relative sezioni delle singole analisi.