Tools bioinformatici per tecnologie non-Illumina
Di seguito sono riportati i tool bioinformatici specifici per tecnologie di sequenziamento diverse da Illumina paired-end. Ognuno dei tools sotto riportati è disponibile nell'analisi di riferimento ed è da usare esclusivamente con reads prodotte da sequenziatore della tecnologia specificata. Analogamente, le reads prodotte da tali dispositivi potranno essere processate solo con gli appositi programmi e non con quelli utilizzati per short reads.
Analisi per reads da apparati Oxford Nanopore Technologies (ONT)
| Analisi | Tool | Note |
|---|---|---|
| 1PP_filtering__minimap2 | minimap2 | solo per reads provenienti da apparati Nanopore |
| 1PP_hostdepl__minimap2 | minimap2 | solo per reads provenienti da apparati Nanopore |
| 1PP_trimming__chopper | chopper | solo per reads provenienti da apparati Nanopore |
| 2AS_denovo__flye | Flye | solo per reads provenienti da apparati Nanopore |
| 2AS_hybrid__unicycler | Unicycler | usato per l'assembly ibrido di short reads Illumina e reads Nanopore |
| 2AS_mapping__medaka | Medaka | solo per reads provenienti da apparati Nanopore |
| 3TX_class__centrifuge | Centrifuge | solo per reads provenienti da apparati Nanopore |
Analisi per long reads provenienti da apparati Thermofisher IonTorrent
| Analisi | Tool | Note |
|---|---|---|
| 1PP_trimming__fastp | fastp | solo per reads provenienti da apparati IonTorrent |
| 1PP_trimming__trimmomatic | trimmomatic | per reads IonTorrent e per short reads paired-end |
| 2AS_denovo__plasmidspades | plasmidSPAdes | per reads da apparati IonTorrent (assemblaggio di sequenze plasmidiche) |
| 2AS_denovo__shovill | shovill | per reads IonTorrent e short reads paired-end |
| 2AS_denovo__spades | SPAdes | per reads IonTorrent e coppie di short reads |
| 2AS_mapping__bowtie | bowtie | per reads IonTorrent e short reads paired-end |
| 2AS_mapping__ivar | iVar | per reads IonTorrent e short reads paired-end |
| 2AS_mapping__snippy | snippy | per reads IonTorrent e short reads paired-end |
| 3TX_class__confindr | ConFindr | per reads IonTorrent e short reads paired-end |
| 3TX_class__kraken | kraken | per reads IonTorrent e short reads paired-end |
| 3TX_class__kraken2 | kraken2 | per reads IonTorrent e short reads paired-end |
| 3TX_species__mash | Mash | per reads IonTorrent e short reads paired-end |
| 4AN_AMR__resfinder | resfinder | per reads IonTorrent e short reads paired-end |