Pipeline Plasmids AMR
Introduzione
La pipeline Plasmids AMR permette la tipizzazione dei plasmidi, eseguendo 4TY_plasmid con MOB-Suite e successivamente 4AN_AMR con StarAMR, sul fasta creato da 4TY_plasmid.
Lancia Pipeline Plasmids AMR
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Plasmids AMR nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
La pipeline Plasmids AMR comprende le analisi seguenti:
- Identificazione dei plasmidi eseguito con MOB-Suite (4TY_plasmid__mobsuite);
- Predizione dei geni correlati ad antibiotico-resistenza eseguito con Snippy (4AN_AMR);
Gli input utilizzabili sono gli stessi della prima analisi eseguita (4TY_plasmid), ovvero gli output delle analisi di ricostruzione della sequenza:
- fasta da de novo assembly (step_2AS_denovo)
- fasta da mapping (step_2AS_mapping)
- fasta da assembly ibrido (step_2AS_hybrid)
- fasta da de novo assembly per campioni di metagenomica (step_2MG_denovo)
- reads importate (step_2AS_import)
Nel caso di input proveniente da mapping, sarà anche necessario fornire il reference usato per il mapping (campo precompilato).
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
I files prodotti dalla pipeline "Plasmids AMR" saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono, organizzati con la stessa gerarchia. Come riferimento si rimanda quindi alle relative sezioni delle singole analisi: