Settembre 2023
Versione 23.09.3
In questo rilascio potrai trovare miglioramenti di esperienza utente insieme a nuove funzionalità relative ai motivi.
Modifica visibilità di un motivo
Quando si crea un motivo è possibile indicarne il tipo di visibilità, questa può assumere due valori Solo io o Il mio gruppo: nel primo caso il motivo può essere visto solo da chi ha effettivamente creato il motivo, nel secondo può essere visto da tutti gli utenti che appartengono allo stesso gruppo.
Da questo rilascio sarà possibile modificare la visibilità di un motivo precedentemente creato direttamente dalla sua scheda, nell'area Motivi, come brevemente mostrato nel video che segue.
IMPORTANTE
Potrai cambiare la visibilità del motivo solo se sei stato tu a crearlo.
Lista motivi semplificata
La tabella contenente la lista dei motivi disponibili per l'attivazione è stata semplificata, al suo interno troverai ora solo i tuoi motivi o del tuo gruppo.
Potrai visualizzare i motivi di sistema (ad esempio quelli derivati dalle RUN) tramite una nuova vista presente nel menu di sinistra chiamata Motivi pubblici. Puoi trovarla all'interno di Filtra campioni / Motivi.
Potrai ora scegliere un motivo da attivare tra due sorgenti, Miei e del mio gruppo oppure Pubblici. Il video che segue mostra brevemente come selezionare l'uno o l'altro attraverso la pagina di gestione dei motivi.
Versione 23.09.2
A decorrere del 27/09/2023, per uniformarsi ai requisiti delle pipeline "WGS - OneHealth analytical pipeline" di EFSA (https://dev.azure.com/efsa-devops/EFSA/_git/efsa.wgs.onehealth) e garantire la validità delle analisi effettuate, il software chewBBACA per il calcolo dei profili allelici è stato aggiornato dalla versione 2.8.4 alla versione 2.8.5.
L'aggiornamento interessa la pipeline relativa ai batteri di NGSManager, il quale passa quindi dalla versione 1.1 alla versione 2.0 (cronologia degli aggiornamenti della pipeline NGSManager: NGSManagerSOP).
Ora NGSManager usa (in conformità con la pipeline EFSA):
- fastp 0.23.1 per il trimming;
- shovill 1.1.0 per l'assembly;
- chewBBACA 2.8.5 per calcolare la chiamata allelica.
Per Listeria monocytogenes è stato anche aggiornato lo schema cgMLST. Il sistema di sorveglianza per Listeria monocytogenes utilizzerà quindi la nuova modalità di calcolo dei profili allelici, che prevede:
- schema
l_mono_chewie_1748_220623; - encoding
crc32.
Sono stati ricalcolati con la nuova pipeline NGSManager: - trimming, assembly e profilo allelico per Listeria monocytogenes; - trimming, assembly, profilo allelico ed esami di typing per Campylobacter, Salmonella ed Escherichia coli.
I nuovi profili allelici utilizzano quindi l'encoding crc32.
Versione 23.09.1
In questo rilascio potrai trovare l'informativa sui cookie accessibile direttamente nel footer.