Pipeline Deplezione & de novo
Introduzione
La pipeline Deplezione & de novo esegue consecutivamente la deplezione delle reads dell'ospite (1PP_hostdepl) e il de novo assembly (2AS_denovo).
Lancia Pipeline Deplezione & de novo
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Deplezione & de novo nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
La pipeline esegue le 2 analisi seguenti:
- Deplezione delle sequenze dell'ospite con bowtie (1PP_hostdepl__bowtie);
- de novo assembly con Spades (2AS_denovo__spades) e controllo qualità con Quast.
Gli input utilizzabili sono pertanto gli stessi disponibili per l'esecuzione della deplezione dell'ospite tramite bowtie, ovvero il genoma di riferimento dell'ospite (nella sezione di definizione parametri, in alto) e le reads in formato fastq:
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
I files prodotti dalla pipeline "Deplezione & de novo" saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono, organizzati con la stessa gerarchia. Come riferimento si rimanda quindi alle relative sezioni delle singole analisi: