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NGSManagerSOP

Questa pagina contiene l'elenco delle versioni della pipeline NGSManagerSOP e la lista di analisi (steps) che essa comprende.

Il software NGSManagerSOP è sotto controllo di versione alla corrispondente pagina del servizio Gitea (interna a IZSAM).

Versioni

NGSManagerSOP - versione 2.3

(dal 23/06/2025)

Comprende i seguenti software di bioinformatica:

Corrispondenti agli step di Nextflow:

  • step_1PP_trimming__fastp.nf
  • step_2AS_denovo__shovill.nf
  • step_4TY_MLST__mlst.nf
  • step_4TY_flaA__flaA.nf
  • step_4TY_cgMLST__chewbbaca.nf
  • step_4TY_wgMLST__chewbbaca.nf

NGSManagerSOP - versione 2.2

(dal 12/11/2024)

Comprende i seguenti software di bioinformatica:

Corrispondenti agli step di Nextflow:

  • step_1PP_trimming__fastp.nf
  • step_2AS_denovo__shovill.nf
  • step_4TY_MLST__mlst.nf
  • step_4TY_flaA__flaA.nf
  • step_4TY_cgMLST__chewbbaca.nf
  • step_4TY_wgMLST__chewbbaca.nf

NGSManagerSOP - versione 2.1

(dal 28/08/2024)

Comprende i seguenti software di bioinformatica:

Corrispondenti agli step di Nextflow:

  • step_1PP_trimming__fastp.nf
  • step_2AS_denovo__shovill.nf
  • step_4TY_MLST__mlst.nf
  • step_4TY_flaA__flaA.nf
  • step_4TY_cgMLST__chewbbaca.nf
  • step_4TY_wgMLST__chewbbaca.nf

NGSManagerSOP - versione 2.0

(dal 27/09/2023)

Comprende i seguenti software di bioinformatica:

Corrispondenti agli step di Nextflow:

  • step_1PP_trimming__fastp.nf
  • step_2AS_denovo__shovill.nf
  • step_4TY_MLST__mlst.nf
  • step_4TY_flaA__flaA.nf
  • step_4TY_cgMLST__chewbbaca.nf
  • step_4TY_wgMLST__chewbbaca.nf

NGSManagerSOP - versione 1.1

(dal 10/05/2023 al 26/09/2023)

E' stato modificato il software mlst passando alla versione 2.23.0

NGSManagerSOP - versione 1.0

(dal 06/02/2021 fino al 09/05/2023)

Comprende i seguenti software di bioinformatica:

Corrispondenti agli step di Nextflow

  • step_1PP_trimming__trimmomatic.nf
  • step_2AS_denovo__spades.nf
  • step_4TY_MLST__mlst.nf
  • step_4TY_flaA__flaA.nf
  • step_4TY_cgMLST__chewbbaca.nf
  • step_4TY_wgMLST__chewbbaca.nf

Validazione e riproducibilità

Dataset

I test di validazione e riproducibilità sono eseguiti sui dataset gli indirizzi dei quali sono riportati di seguito:

Validazione

Riproducibilità

Controllo esiti dei test

I link sopra riportati conducono alle pagine riassuntive delle build per le SOP Listeria e Campylobacter inerenti ai processi di validazione (i primi) e di riproducibilità (i secondi). Per tutte le pagine sarà possibile visualizzare un grafico dell'andamento dei processi recenti lanciati per la validazione o per la riproducibilità.

Per controllare lo stato di validazione o di riproducibilità della pipeline è sufficiente accedere ai link riportati precedentemente e verificare che tutte le caselle colorate del grafico siano verdi.

Gli status dei singoli campioni del dataset di validazione sono presenti nel file .csv elencato in alto nella pagina. Esso riporta gli esiti come PASS (se i risultati ricadono nei limiti accettati per la validazione) o FAIL (nel caso i valori ottenuti non dovessero essere accettabili per la validazione).

Il video seguente mostra brevemente come verificare lo stato di validazione della pipeline NGSmanagerSOP. La procedura è identica per la verifica della riproducibilità, eccetto che per l'assenza dei file dei dataset di validazione.

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