Parte di Accettazione e automatismo iniziale

Logica funzionamento automatismo Listeria (LATO SILAB)

1. Si impostano con Blocco elaborazione RdP tutte le accettazioni con tutti i seguenti requisiti:

   • STATO <> ('ELIMINATA','REFERTATA')
   • Hanno almeno un campione distribuito per Estrazione acidi nucleici: DNA e metodo 'cf' oppure 'EA'
   • la specie del profilo di distribuzione rientra nelle specie della tabella di parametri BIOINFO_PARAMETRI* con tipologia LISTERIA**
   • non hanno nessun campione distribuito per il gruppo LYN:
     • Determinazione del Multi-Locus Sequence Typing
     • Determinazione del core genome MLST (cgMLST)
     • Determinazione del Clonal Complex
   • Non hanno ancora il Blocco elaborazione RdP In questo modo non si rischia che venga elaborato RdP prima della fine degli esami.

2. Si processano tutte le accettazioni del punto 1:

   • Se l'esito dell'esame Estrazione acidi nucleici: DNA è FAVOREVOLE:
     • si crea campione figlio con materiale DNA, se non presente
     • si distribuisce il campione creato per Sequenziamento WGS, se non presente
   • Se l'esito dell'esame Estrazione acidi nucleici: DNA è SFAVOREVOLE:
     • Se è già presente, si provvede ad eliminare la distribuzione per Sequenziamento WGS su DNA
     • si elimina il Blocco RdP impostato precedentemente.

3. Nei casi in cui (es. NRG 2023/TE/11493) viene accettato direttamente il DNA per la listeria monocytogenes, e si distribuisce il WGS, non viene messo il blocco Rdp (perchè è solo una distribuzione) ma l'automatismo per risultati ed allegati è lo stesso.

Logica funzionamento automatismo Campylobacter coli e jejuni (LATO SILAB)

Al momento dell'accettazione campioni di Campylobacter coli e jejuni, l'operatore addetto deve distribuire i campioni per il gruppo CAMPCEP che comprende:

• Campylobacter spp: Identificazione con MALDI – TOF (Spettrometria di massa)
• Estrazione acidi nucleici: DNA con chimico-fisico
• Antibiogramma Gram negativi- Campylobacter con MICRODILUIZIONE

A volte, invece del metodo MALDI – TOF (Spettrometria di massa), c'è necessità di distribuire metodo PCR per l'identificazione. In questi casi, si è deciso che comunque deve essere eseguita la distribuzione del gruppo sopra indicato, e modificare ilmetodo successivamente dalla maschera di acquisizione dati.

E' IMPORTANTE CHE SI FACCIA PRIMA DEGLI SCHEMI SISD ALTRIMENTI POI SARA' PIU' COMPLICATA LA MODIFICA DEL METODO IN QUANTO CONSIDERATA SUGLI SCHEMI

L'automatismo per Campylobacter ha inizio con:

1. Si impostano con Blocco elaborazione RdP tutte le accettazioni con tutti i seguenti requisiti:

   • STATO <> ('ELIMINATA','REFERTATA')
   • Hanno almeno un campione distribuito per Estrazione acidi nucleici: DNA e metodo 'cf' oppure 'EA'
   • la specie del profilo di distribuzione rientra nelle specie della tabella di parametri BIOINFO_PARAMETRI* con tipologia CAMPYLO**
   • non hanno nessun campione distribuito per il gruppo CAMRAW:
     • Determinazione del Multi-Locus Sequence Typing
     • Determinazione del core genome MLST (cgMLST)
     • Determinazione del Clonal Complex
     • Determinazione wgMLST
     • Campylobacter: determinazione del flaA SVR
   • Non hanno ancora il Blocco elaborazione RdP
   • Non hanno già il WGS distribuito In questo modo non si rischia che venga elaborato RdP prima della fine degli esami.

2. Si processano tutte le accettazioni del punto 1, e:

   • Se l'esito dell'esame Estrazione acidi nucleici: DNA è FAVOREVOLE e l'identificazione ha dato come esito un campylo jejuni o coli

     • si crea campione figlio con materiale DNA, se non presente
     • si distribuisce il campione creato per Sequenziamento WGS, se non presente

   • Se l'esito dell'esame Estrazione acidi nucleici: DNA oppure l'identificazione NON ha dato come esito un campylo jejuni o coli:

     • Se è già presente, si provvede ad eliminare la distribuzione per Sequenziamento WGS su DNA
     • si elimina il Blocco RdP impostato precedentemente.

Logica funzionamento automatismo Brucella (LATO SILAB)

Al momento dell'accettazione campioni Brucella, l'operatore addetto deve distribuire i campioni per il gruppo N7 (BRUCELLA IDENTIFICAZIONE) che comprende:

• Brucella spp: Identificazione con PCR-RFLP
• Brucella spp: Identificazione con PCR Bruce-Ladder
• Brucella spp: Identificazione con PCR Ladder Suis
• Estrazione acidi nucleici: DNA con Estrazione automatica

Il Laboratorio ha deciso di far sempre distribuire Brucella spp: Identificazione con tutti e trew i metodi perchè la momento dell'accettazione non si sa quale metodo distribuire (dipende dal tipo della brucella). Poi loro eliminano le distribuzioni che non devono essere acquisite.

L'automatismo per Brucella ha inizio con:

1. Si impostano con Blocco elaborazione RdP tutte le accettazioni con tutti i seguenti requisiti:

   • STATO <> ('ELIMINATA','REFERTATA')
   • Hanno almeno un campione distribuito per Estrazione acidi nucleici: DNA e metodo 'cf' oppure 'EA'
   • la specie del profilo di distribuzione rientra nelle specie della tabella di parametri BIOINFO_PARAMETRI* con tipologia BRUCELLA**
   • non hanno nessun campione distribuito per il gruppo BRRAW:
     • Determinazione del Multi-Locus Sequence Typing
     • Determinazione del core genome MLST (cgMLST)
     • Analisi degli SNPs
   • Non hanno ancora il Blocco elaborazione RdP
   • Non hanno già il WGS distribuito In questo modo non si rischia che venga elaborato RdP prima della fine degli esami.

2. Si processano tutte le accettazioni del punto 1, e:

   • Se l'esito dell'esame Estrazione acidi nucleici: DNA è FAVOREVOLE e l'identificazione ha dato come esito una brucella
     • si crea campione figlio con materiale DNA, se non presente
     • si distribuisce il campione creato per Sequenziamento WGS, se non presente
   • Se l'esito dell'esame Estrazione acidi nucleici: DNA oppure l'identificazione NON ha dato come esito una brucella:
     • Se è già presente, si provvede ad eliminare la distribuzione per Sequenziamento WGS su DNA
     • si elimina il Blocco RdP impostato precedentemente.

Logica funzionamento automatismo Salmonella UOMO (LATO SILAB)

Al momento dell'accettazione campioni Salmonella, l'operatore addetto deve distribuire i campioni per il gruppo SM1 (SALMONELLA IDENTIFICAZIONE - WGS/DNA) che comprende: - Salmonella spp: Identificazione con Identificazione sierologica - Estrazione acidi nucleici: DNA con Estrazione automatica

L'automatismo per Salmonella ha inizio con:

1. Si impostano con Blocco elaborazione RdP tutte le accettazioni con tutti i seguenti requisiti:

   • STATO <> ('ELIMINATA','REFERTATA')
   • Specie Origine = UOMO
   • Hanno almeno un campione distribuito per Estrazione acidi nucleici: DNA e metodo 'cf' oppure 'EA'
   • la specie del profilo di distribuzione rientra nelle specie della tabella di parametri BIOINFO_PARAMETRI con tipologia SALMONELLA
   • non hanno nessun campione distribuito per il gruppo SMRAW:
     • Determinazione del Multi-Locus Sequence Typing
     • Determinazione del core genome MLST (cgMLST)
   • Non hanno ancora il Blocco elaborazione RdP
   • Non hanno già il WGS distribuito
     In questo modo non si rischia che venga elaborato RdP prima della fine degli esami.

2. Si processano tutte le accettazioni del punto 1, e:

   • Se l'esito dell'esame Estrazione acidi nucleici: DNA è FAVOREVOLE e l'identificazione ha dato come esito una Salmonella
     • si crea campione figlio con materiale DNA, se non presente
     • si distribuisce il campione creato per Sequenziamento WGS, se non presente
   • Se l'esito dell'esame Estrazione acidi nucleici: DNA oppure l'identificazione NON ha dato come esito una salmonella:
     • Se è già presente, si provvede ad eliminare la distribuzione per Sequenziamento WGS su DNA
     • si elimina il Blocco RdP impostato precedentemente.