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Campioni

La pagina Campioni è una delle sezioni principali del sistema ed è accessibile dal menù di Navigazione laterale, sotto la voce Elementi principali. Contiene una tabella con i campioni disponibili in piattaforma e i relativi metadati, visibili in base al profilo di appartenenza e ad eventuali filtri attivi, come tag o carrello.

Suggerimento
Nella sezione dedicata alle funzionalità delle tabelle sono disponibili indicazioni utili su come interagire con questa pagina.

Schede Campioni

Facendo doppio clic su una riga della tabella (o, se presente, tramite click sull'icona [+]) si accede alla scheda dettagliata del campione: - nella parte superiore sono riportati i metadati principali e le informazioni derivate dalle analisi eseguite sul campione;
- nella parte inferiore sono elencate le relazioni del campione con altri database, eventuali alias e l’elenco dei tag associati.

Alcune sezioni includono un link di apertura rapida, indicato da un’icona accanto al titolo della sezione (inline-icon).

Il video che segue mostra brevemente le operazioni che l'utente può eseguire sui campioni.

Nota: Per motivi di privacy e sicurezza, i video sono stati realizzati nell’applicativo demo Cohesive. L’interfaccia potrebbe quindi presentare alcune differenze rispetto all’ambiente reale.

Funzioni della tabella dedicate ai campioni

Come per gli altri elementi principali della piattaforma visualizzati in formato tabellare (Alias, Metadati, Risultati analisi), anche nella tabella Campioni la barra multifunzione superiore consente di accedere a diverse opzioni come:

  • strumenti di filtro,
  • strumenti di esportazione,
  • operazioni dirette sui campioni.

Il funzionamento generale è descritto nella sezione dedicata alla gestione delle tabelle; nello specifico, la tabella dei campioni presenta alcune peculiarità come l'utilizzo del Carrello o alcune voci specifiche disponibili, in base al profilo, all'interno del menù contestuale inline-icon.

Carrello

Il carrello è una funzione disponibile esclusivamente per i campioni e rappresenta il passaggio preliminare per poter interagire con essi. Tramite il carrello è infatti possibile:

Per aggiungere uno o più campioni selezionati al carrello è sufficiente usare l’apposito pulsante inline-icon. La freccia sul lato destro del pulsante apre un menù che consente di scegliere tra tre azioni:

  • Aggiungi al carrello,
  • Sostituisci carrello,
  • Rimuovi da carrello.

Nota importante:
L’aggiunta di campioni al carrello richiede sempre la selezione preventiva dei campioni di interesse. La selezione multipla è attiva di default, ma può essere disattivata o riattivata tramite il menù contestuale o la scorciatoia da tastiera Ctrl+Shift+M.
Non è possibile aggiungere campioni al carrello senza averli selezionati.

La guida completa al carrello e alle sue funzioni è disponibile nella pagina dedicata.

Campioni pubblici e campioni privati

All'interno della tabella Campioni sono disponibili due tipologie di dati: Campioni pubblici e Campioni privati.

  • I campioni pubblici corrispondono a sequenze depositate nei database di NCBI (ad es. Assembly, Nucleotide, SRA ecc.) e possono essere importati nella piattaforma tramite la procedura di Upload da NCBI.
  • I campioni privati invece sono sequenze non presenti in database pubblici, caricate nella piattaforma o attraverso procedure automatizzate successive al sequenziamento, oppure mediante le modalità di Upload manuale.

Per praticità sono disponibili due filtri preimpostati che consentono di visualizzare solo i campioni pubblici oppure solo i campioni privati. È inoltre possibile salvare uno dei due filtri come predefinito, così da trovarlo già attivo ad ogni accesso, in base alle tue preferenze. Di seguito troverai un video dimostrativo sull'utilizzo dei filtri.

Puoi trovare ulteriori informazioni sull'utilizzo dei filtri di base ed dei filtri avanzati nella sezione di questo wiki dedicata alle funzionalità delle tabelle.