Topics
- Home
- Campioni ufficiali
- Elementi principali
- Filtra campioni
-
Analisi
- Lancia analisi
- Fasi e modalità di lancio
- Visualizza analisi
-
Descrizione tools
- Introduzione
- Tools per tecnologie non-Illumina
- Single sample
- Multi sample
-
Pipelines
- Mapping Virus Segmentati
- Covid Emergency
- Deplezione e de novo
- Draft del Genoma
- Enterotoxin S. aureus finder
- NgsManager
- Processamento Raw Reads
- Typing su Batteri
- WNV - Lineage Calculation and Mapping
- Filtering & de novo
- Plasmids AMR
- nf-core ampliseq
- Klebsiella (Kleborate)
- QC fastqc
- QC Quast
- QC Nanoplot
- IAEA
- Reports
- Download
- Upload
- Gestione Varianti
- Dashboards
- SOP
- Integrazioni SILAB
- Novità
- Supporto
Upload da NCBI
La pagina Upload da NCBI permette di caricare in piattaforma una o più sequenze presenti nei databases NCBI (National Center for Biotechnology Information). I databases da cui è possibile attingere sono rappresentati da 3 diverse tipologie di upload:
- Assembly fasta, per l'upload di files fasta dal database "Assembly" di NCBI;
- Nucleotide fasta, per l'upload di files fasta dal database "Nucleotide" di NCBI;
- Reads fastq SRA, per l'upload di files fastq dal database "Sequence Read Archive - SRA" di NCBI.
Per poter lanciare un upload da NCBI viene richiesta solo una lista di Accession Numbers: potrai infatti scegliere da quale dei 3 databases importare il file o i files, selezionare la specie di appartenenza ed incollare nell'apposito campo gli Accession Numbers.
Le sequenze verranno recuperate direttamente da NCBI, senza necessità di caricare files dal proprio computer.
Importante! Possono essere importate più sequenze solo se appartenenti alla stessa specie. Per sequenze appartenenti a specie diverse sarà necessario effettuare upload separati.
Il video seguente mostra come usare le funzionalità di Upload da NCBI. Le 3 tipologie di upload condividono le stesse modalità e gli stessi requisiti.