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Upload da NCBI

La pagina Upload da NCBI permette di caricare, in piattaforma, una o più sequenze presenti nei database NCBI (National Center for Biotechnology Information). I database, da cui è possibile attingere, sono rappresentati da 3 diverse tipologie di upload:

  • Assembly fasta, per l'upload di file fasta dal database "Assembly" di NCBI;
  • Nucleotide fasta, per l'upload di file fasta dal database "Nucleotide" di NCBI;
  • Reads fastq SRA, per l'upload di file fastq dal database "Sequence Read Archive - SRA" di NCBI.

Per poter lanciare un upload da NCBI viene richiesta solo una lista di Accession Numbers: potrai infatti scegliere da quale dei 3 database importare il file o i files, selezionare la specie di appartenenza ed incollare nell'apposito campo gli Accession Numbers.

Le sequenze verranno recuperate direttamente da NCBI, senza necessità di caricare file dal proprio computer.

Importante! Sequenze multiple possono essere importate solo se appartenenti alla stessa specie; per sequenze appartenenti a specie diverse sarà necessario effettuare upload separati.

Il video seguente mostra come usare le funzionalità di Upload da NCBI. Le 3 tipologie di upload condividono le stesse modalità e gli stessi requisiti.

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