Pipeline Covid Emergency
Introduzione
La pipeline Covid Emergency permette di effettuare rapidamente l'assembly con reference (2AS_mapping) e l'assegnazione del lineage (4TY_lineage), per campioni di SARS-CoV2. Il genoma reference che viene utilizzato per il mapping è sempre NC_045512 (Wuhan-Hu-1). Poichè il tool usato per il mapping è Snippy, la pipeline produce anche il VCF delle varianti.
Lancia Pipeline Covid Emergency
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Covid Emergency nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
La pipeline Covid Emergency è composta da 2 fasi:
- Mapping eseguito con Snippy (2AS_mapping__snippy);
- Assegnazione del lineage eseguita con Pangolin (4TY_lineage__pangolin).
Gli input utilizzabili sono pertanto gli stessi disponibili per il lancio di un mapping con Snippy, ovvero le reads in formato fastq:
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione, anche in questo caso, la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Nella sezione dedicata alla definizione dei parametri, il campo per la selezione della soglia di qualità permette di specificare un valore minimo di qualità (20 o 14) delle basi predette.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
I files prodotti dalla pipeline "Covid Emergency" saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono, organizzati con la stessa gerarchia. Come riferimento si rimanda quindi alle relative sezioni delle singole analisi: