Controlli qualità dell'assemblaggio
La tabella Controlli qualità dell'assemblaggio fornisce informazioni sulla qualità degli assembly de novo.
Le colonne dei metadati, oltre a Codice e Descrizione che si riferiscono all'identificativo del risultato dell'analisi, sono: * Risultato: codice del risultato (RIS_CD) al quale le statistiche si riferiscono; * Campione Genpat: codice GENPAT_CD del campione; * Contig: numero totale di contigs ottenuto dall'assemblaggio; * Contig più lungo: lunghezza del contig più lungo ottenuto dall'assemblaggio; * Lunghezza Totale: numero di nucleotidi totali che costituiscono la sequenza ricostruita dall'assemblaggio; * N50: lunghezza del contig con il quale si raggiunge il 50% della sequenza, ordinando i contig per lunghezza in maniera decrescente; * N75: lunghezza del contig con il quale si raggiunge il 75% della sequenza, ordinando i contig per lunghezza in maniera decrescente; * L50: numero di contig, ordinati in maniera decrescente per lunghezza, necessario per ottenere il 50% della sequenza; * L75: numero di contig, ordinati in maniera decrescente per lunghezza, necessario per ottenere il 75% della sequenza; * NS per 100Kbp: numero di basi incerte (N) per 100Kbp nella sequenza assemblata.
N50 e statistiche associate: il valore N50 rappresenta la lunghezza del contig più corto al 50% della lunghezza totale del genoma, se questi vengono ordinati dal più lungo al più corto (N50 su Wikipedia). Analogamente il N75 rappresenta la lunghezza del contig più corto necessario per raggiungere il 75% della lunghezza totale della sequenza (sempre considerando i contigs ordinati in modo decrescente per lunghezza).
