PPRV Pipeline - IAEA
Introduzione
Questa pipeline elabora campioni di Peste des Petit Ruminants Virus (PPRV), determinando automaticamente la sequenza reference e ricostruendo la sequenza consensus corrispondente.
- Pagina ufficiale del tool: https://github.com/CourcelleM/PPRreads_ASSEMBLY/tree/main
- Autori: CIRAD laboratories https://www.ppr-labs-oie-network.org/en/materials-and-protocols/pprv-sequence-datasets
Come eseguire la pipeline
Una volta selezionata l'analisi PPRV nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma che permetterà di procedere con la selezione dei parametri.
La pipeline PPRV prevede 2 fasi principali:
- identificazione del miglior reference;
- mapping e generazione consensus.
Gli input richiesti sono trimmed reads in formato FASTQ (.fastq.gz):
- step_1PP_trimming
Screenshot della selezione degli input 
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di verificare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella dei risultati
La cartella dei risultati, Result folder, è accessibile cliccando sul link presente all'interno della scheda dell'analisi, nella sezione Dati risultato. All'interno della conseguente cartella results, è possibile trovare i files prodotti dalla pipeline "PPRV".