Filtering & de novo
Introduzione
La pipeline Filtering & de novo elimina le reads che non mappano sul reference selezionato (1PP_filtering) ed esegue il de novo assembly (2AS_denovo).
Lancia Pipeline Filtering & de novo
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Filtering & de novo nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
La pipeline Filtering & de novo esegue:
- rimozione delle reads che non mappano con il reference tramite Bowtie (1PP_filtering__bowtie)
- de novo assembly con SPAdes (2AS_denovo__spades)
Gli input utilizzabili sono costituiti dalle reads trimmate derivanti da un'analisi di preprocessamento:
- reads deplete (step_1PP_hostdepl)
- downsampled reads (step_1PP_downsampling)
- reads trimmate (step_1PP_trimming)
- reads filtrate (step_1PP_filtering)
- reads generate da fasta (step_1PP_generated)
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Nella sezione dedicata alla selezione dei parametri sarà anche necessario specificare un genoma reference, indispensabile per effettuare la prima fase della pipeline: filtering (1PP_filtering).
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
I files prodotti dalla pipeline "Filtering & de novo" saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono, organizzati con la stessa gerarchia. Come riferimento si rimanda quindi alla relativa sezione delle singole analisi: