Pipeline Surveillance
Introduzione
La pipeline Surveillance esegue ReporTree sui profili allelici dei campioni e specificando dei campioni di interesse. I campioni di interesse sono quelli forniti come input (Tag o Carrello); la matrice di distanza e l'albero sono calcolati usando tutti i campioni della specie indicata presenti in piattaforma.
La pipeline Surveillance è disponibile, sia come analisi automatizzata che come pipeline manuale, per i seguenti batteri:
- Listeria monocytogenes;
- Campylobacter;
- Salmonella enterica.
L'analisi viene lanciata automaticamente dalla piattaforma ogniqualvolta viene calcolato un nuovo profilo allelico dei microorganismi sopra elencati. Ciò include: - i profili allelici calcolati al termine della pipeline NGSmanager - lanciata automaticamente, al caricamento di nuovi campioni sulla piattaforma; - lanciata manualmente da un utente; - i lanci manuali dell'analisi 4TY_cgMLST.
Surveillance può essere lanciata manualmente dal menù Lancia analisi: - da utenti LNR Listeria per il lancio su specie L. monocytogenes; - da utenti LNR Campylobacter per il lancio su specie C. coli e C. jejuni. - da utenti LNR Salmonella su specie S. enterica.
Possono essere usati profili allelici cgMLST e wgMLST.
Pagina GitHub di ReporTree https://github.com/insapathogenomics/ReporTree
Citazione: Mixão V., Pinto M., Sobral D., Di Pasquale A., Gomes J.P., Borges V., (2023), "ReporTree: a surveillance-oriented tool to strengthen the linkage between pathogen genetic clusters and epidemiological data". Genome Medicine. doi: 10.1186/s13073-023-01196-1
Lancia pipeline Surveillance
La procedura per il lancio dell'analisi è analoga alle altre analisi che comprendono l'esecuzione di ReporTree:
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Surveillance nella pagina lancia di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
La pipeline Surveillance eseguirà ReporTree con le seguenti variazioni:
- Mentre un normale lancio di ReporTree viene eseguito esclusivamente sui campioni presenti nel carrello, il lancio di ReporTree tramite pipeline Surveillance viene eseguito su tutti i campioni presenti in piattaforma, appartenenti alla specie indicata nell'apposito campo (immagine A).
- Un normale lancio di ReporTree richiede di specificare i codici dei campioni di interesse tra quelli usati come input nel carrello o nel tag; nel lancio della pipeline Surveillance, l'input è costituito solo dai campioni di interesse (ovvero, nel carrello attivato o nel tag attivo devono essere presenti solo tali campioni) che, quindi, non dovranno essere esplicitati durante la definizione dei parametri.
A
B
La pipeline richiede le stesse tipologie di input di ReporTree:
Nella schermata di definizione dei parametri, la pipeline permette un elevato livello di personalizzazione, tramite gli stessi parametri addizionali di ReporTree.
Per ogni uso e riferimento riguardo le opzioni del tool, si invita a consultare la pagina Wiki di ReporTree.
Per ogni altro dettaglio si faccia riferimento alle sezioni pertinenti dell'analisi ReporTree e alla guida ufficiale del tool: