Pipeline Draft del Genoma
Introduzione
La pipeline Draft del Genoma è parte della pipeline Vdraft, disponibile anche separatamente. Essa esegue il mapping delle sequenze (2AS_mapping) sia con Bowtie2 che con Snippy, seguito dall'annotazione del genoma (4AN_genes), tramite Prokka.
L'annotazione del genoma verrà eseguita solo sui risultati di Snippy e solo se come reference è stato usato un file in formato genebank (.gb o .gbk); a sua volta, Snippy potrà essere eseguito solo se il campione scelto possiede l'accertamento 4AN_genes associato (Prokka).
Lancia Pipeline Draft del Genoma
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Draft del Genoma nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
La pipeline Draft del Genoma comprende le analisi seguenti:
- Mapping eseguito con Bowtie2 (2AS_mapping__bowtie);
- Mapping eseguito con Snippy (2AS_mapping__snippy);
- Annotazione del genoma eseguito con Prokka (4AN_genes__prokka).
Entambe le esecuzioni del mapping comprendono inoltre il calcolo del coverage.
Gli input utilizzabili sono i risultati delle analisi di preprocessamento:
- reads deplete (step_1PP_hostdepl)
- downsampled reads (step_1PP_downsampling)
- reads trimmate (step_1PP_trimming)
- reads filtrate (step_1PP_filtering)
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Sarà anche necessario specificare il genoma dell'organismo ospite e un genoma reference tra quelli disponibili, che verrà usato sia per i mapping che per l'annotazione funzionale.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
I files prodotti dalla pipeline "Draft del Genoma" saranno gli stessi prodotti dalle analisi che la compongono, organizzati con la stessa gerarchia. Come riferimento si rimanda quindi alle relative sezioni delle singole analisi: