QC Nanoplot
Introduzione
QC Nanoplot fa parte della sottocategoria di analisi per il controllo qualità (Quality Check, QC); essa esegue il software Nanoplot sulle raw reads da apparati Nanopore.
Lancia Nanoplot
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Nanoplot nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
Gli input utilizzabili sono le raw reads in formato fastq (interne o esterne) o le reads trimmate (o provenienti da analisi di preprocessamento), purchè provengano da apparati Nanopore:
- raw reads (step_0SQ_rawreads)
- reads trimmate (step_1PP_trimming)
- reads filtrate (step_1PP_filtering)
- reads fastq generate da fasta (step_1PP_generated)
- reads deplete delle reads dell'ospite (step_1PP_hostdepl)
- reads sottoposte a downsampling (step_1PP_downsampling)
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella di output può essere esplorata cliccando sul link prodotto dalla pagina di download o sul link presente all'interno della scheda dell'analisi. All'interno della directory "Results" sarà possibile trovare le 2 cartelle:
- meta: ("metadata") in cui vengono salvati i files di log e di configurazione del processo eseguito.
- result: in cui sono salvati i files con i risultati prodotti dall'analisi.
La tabella seguente riporta l'elenco dei files prodotti da Nanoplot, insieme ad alcune informazioni utili.
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_LengthvsQualityScatterPlot_dot.html | scatterplot della lunghezza delle reads VS qualità media delle reads | cartella result |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_LengthvsQualityScatterPlot_kde.html | scatterplot della lunghezza delle reads VS qualità media delle reads | cartella result |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_NanoPlot-report.html | tabella delle statistiche | cartella result |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_NanoStats.txt | tabella delle statistiche in formato di testo | cartella result |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_Non_weightedHistogramReadlength.html | istogramma delle lunghezze delle reads | cartella result |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_Non_weightedLogTransformed_HistogramReadlength.html | istogramma delle lunghezze delle reads dopo trasformazione logaritmica | cartella result |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_WeightedHistogramReadlength.html | istogramma pesato delle lunghezze delle reads | cartella result |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_WeightedLogTransformed_HistogramReadlength.html | istogramma pesato delle lunghezze delle reads dopo trasformazione logaritmica | cartella result |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_Yield_By_Length.html | curva della resa cumulativa rispetto alla lunghezza delle reads | cartella result |
Nota: quasi tutte le tabelle e i grafici prodotti da Nanoplot sono in formato html. Si consiglia di utilizzare un web browser per la visualizzazione.