QC Nanoplot
Introduzione
QC Nanoplot fa parte della sottocategoria di analisi per il controllo qualità (Quality Check, QC); essa esegue il software Nanoplot sulle raw reads provenienti da dispositivi Nanopore.
Pagina ufficiale GitHub di Nanoplot https://github.com/wdecoster/NanoPlot
Lancia la pipeline Nanoplot
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline Nanoplot nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
Gli input utilizzabili sono le raw reads in formato fastq (interne o esterne) o le reads trimmate (o provenienti da analisi di preprocessamento), purchè provengano da apparati Nanopore:
- raw reads (step_0SQ_rawreads);
- reads trimmate (step_1PP_trimming);
- reads filtrate (step_1PP_filtering);
- reads fastq generate da un fasta (step_1PP_generated);
- reads deplete (step_1PP_hostdepl);
- downsampled reads (step_1PP_downsampling).
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella dei risultati
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella dei risultati, Result folder, è accessibile cliccando sul link presente all'interno della scheda dell'analisi, nella sezione Dati risultato. All'interno della conseguente cartella results, è possibile trovare 2 sotto-cartelle:
- meta: (metadati) in cui vengono salvati i file di log e di configurazione del processo eseguito.
- result: in cui sono salvati i file con i risultati prodotti dall'analisi.
La tabella seguente riporta l'elenco dei files prodotti da Nanoplot, insieme ad alcune informazioni utili.
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_LengthvsQualityScatterPlot_dot.html | grafico a dispersione della lunghezza delle reads rispetto alla qualità media delle reads | cartella "result" |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_LengthvsQualityScatterPlot_kde.html | grafico a dispersione della lunghezza delle reads rispetto alla qualità media delle reads | cartella "result" |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_NanoPlot-report.html | tabella delle statistiche in formato .html | cartella "result" |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_NanoStats.txt | tabella delle statistiche in formato di testo | cartella "result" |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_Non_weightedHistogramReadlength.html | istogramma delle lunghezze delle reads | cartella "result" |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_Non_weightedLogTransformed_HistogramReadlength.html | istogramma delle lunghezze delle reads dopo trasformazione logaritmica | cartella "result" |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_WeightedHistogramReadlength.html | istogramma pesato delle lunghezze delle reads | cartella "result" |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_WeightedLogTransformed_HistogramReadlength.html | istogramma pesato delle lunghezze delle reads dopo trasformazione logaritmica | cartella "result" |
| DSXXXXXX-DTXXXXXX_ID_Yield_By_Length.html | curva della resa cumulativa rispetto alla lunghezza delle reads | cartella "result" |
Nota: quasi tutte le tabelle e i grafici prodotti da Nanoplot sono in formato .html. Si consiglia di utilizzare un web browser per la visualizzazione.