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Controlli qualità del cgMLST

La tabella dei Controlli qualità del cgMLST fornisce informazioni sulla qualità del core genome Multi Locus Sequence Typing.

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Le colonne dei metadati riportano il Codice dell'analisi e il codice del Campione a cui si riferiscono i dati. Le altre colonne elencano le statistiche aggregate degli alleli chiamati da chewBBACA (https://github.com/B-UMMI/chewBBACA): * % di chiamati: percentuale degli alleli chiamati da chewBBACA rispetto al totale dei loci nello schema; * Numero chiamati: numero degli alleli chiamati da chewBBACA; * Annotati, Nuovi, Non trovati, Scartati: ognuna di queste colonne riporta il numero di alleli in base a come sono stati chiamati o classificati da chewBBACA; - Annotati: varianti alleliche già presenti nello schema; - Nuovi: nuovi alleli, non presenti nello schema, ai quali sono stati assegnati dei nuovi codici; - Non trovati: (Locus Not Found - LNF), i loci che non sono stati trovati nel core genome del campione; - Scartati: loci per i quali la chiamata allelica non è sufficientemente affidabile.

Nota: il numero di loci dipende dallo schema di chewBBACA per lo specifico microrganismo.

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