Elenco Profili selezionabili per esami di sequenziamento
Nella tabellea A sono elencati i profili che devono essere validi e selezionabili per gli esami di sequenziamento, come indicato dall'incontro del 2.05.2024 con il reparto di Biotecnologie. Tutti gli altri profili attualmente esistenti, non inclusi in tabella, dovrebbero essere disattivati
Tabella A - Profili Validi
| ACCERTAMENTO | METODO | METODICA | MATERIALE | SPECIE |
| Profili relativi alle SOP: | ||||
| Sequenziamento WGS | Illumina | IZS TE B2.1.9 SOP032 2023 Rev. 0 | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | Brucella |
| Sequenziamento WGS | Illumina | IZS TE B2.1.9 SOP032 2023 Rev. 0 | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | Campylobacter coli |
| Sequenziamento WGS | Illumina | IZS TE B2.1.9 SOP032 2023 Rev. 0 | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | Campylobacter jejuni |
| Sequenziamento WGS | Illumina | IZS TE B2.1.9 SOP032 2023 Rev. 0 | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | Listeria monocytogenes |
| Sequenziamento WGS | Illumina | Metodo interno | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | Salmonella |
| Profili per Metagenomica SARS-CoV-2: | ||||
| Metagenomica SARS-CoV-2 | Illumina | ACIDO RIBONUCLEICO (RNA) | SARS-CoV-2 | |
| Metagenomica SARS-CoV-2: Controllo Positivo | Illumina | ACIDO RIBONUCLEICO (RNA) | SARS-CoV-2 | |
| Metagenomica SARS-CoV-2: Controllo Negativo | Illumina | ACQUA DISTILLATA | . | |
| Profili fuori SOP da utilizzare in tutti I casi in cui non deve bisogna far riferimento alla SOP accreditata; esitono stessi profili per ciscun metodo Illumina, iontorrent e Minioin nanopore: | ||||
| Sequenziamento WGS | Illumina | ACQUA DISTILLATA | . | |
| Sequenziamento WGS | Illumina | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | BATTERI | |
| Sequenziamento WGS | Illumina | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | VIRUS | |
| Sequenziamento WGS | Illumina | ACIDO RIBONUCLEICO (RNA) | VIRUS | |
| Sequenziamento WGS | Iontorrent | ACQUA DISTILLATA | . | |
| Sequenziamento WGS | Iontorrent | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | VIRUS | |
| Sequenziamento WGS | Iontorrent | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | BATTERI | |
| Sequenziamento WGS | Iontorrent | ACIDO RIBONUCLEICO (RNA) | VIRUS | |
| Sequenziamento WGS | MinIon Nanopore | ACQUA DISTILLATA | . | |
| Sequenziamento WGS | MinIon Nanopore | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | BATTERI | |
| Sequenziamento WGS | MinIon Nanopore | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | VIRUS | |
| Sequenziamento WGS | MinIon Nanopore | ACIDO RIBONUCLEICO (RNA) | VIRUS | |
| Profili per Ampliseq da usare per DNA su qualsiasi specie: | ||||
| Ampliseq | Illumina | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | TUTTE | |
| Profili per Metagenomica SG; per I metodi illumina e Minion sono ripetuti stessi profili; Per il metodo Analisi bioinformatica sui dati ngs c’è per materiale FILE: | ||||
| Metagenomica SG | Illumina | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | TUTTE | |
| Metagenomica SG | Illumina | ACQUA DISTILLATA | . | |
| Metagenomica SG | Analisi bioinformatica sui dati ngs | FILE | TUTTE | |
| Metagenomica SG | MinIon Nanopore | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | TUTTE | |
| Metagenomica SG | MinIon Nanopore | ACQUA DISTILLATA | . | |
| Profili per Metagenomica16S: | ||||
| Metagenomica 16S | Illumina | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | TUTTE | |
| Profili per Metatrascrittomica; per I due metodi associati abbiamo stessi profili: | ||||
| Metatrascrittomica | Illumina | ACIDO RIBONUCLEICO (RNA) | TUTTE | |
| Metatrascrittomica | Illumina | FILE | TUTTE | |
| Metatrascrittomica | MinIon Nanopore | FILE | TUTTE | |
| Metatrascrittomica | MinIon Nanopore | ACIDO RIBONUCLEICO (RNA) | TUTTE | |
| Profili per Metagenomica SGTarget, con solo il metodo Illumina: | ||||
| Metagenomica SGTarget | Illumina | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | BATTERI | |
| Metagenomica SGTarget | Illumina | ACIDO RIBONUCLEICO (RNA) | BATTERI | |
| Metagenomica SGTarget | Illumina | ACIDO RIBONUCLEICO (RNA) | VIRUS | |
| Metagenomica SGTarget | Illumina | ACIDO DEOSSIRIBONUCLEICO (DNA) | VIRUS | |