2MG_denovo
Introduzione
2MG_denovo effettua il de novo assembly per campioni di metagenomica.
Lancia Analisi 2MG_denovo
Una volta selezionata l'analisi 2MG_denovo nella pagina dedicata al lancio di analisi, sarà possibile selezionare il software bioinformatico da usare tra quelli disponibili per l'analisi. Il solo tool utilizzabile per questa analisi è:
- metaSPAdes - St. Petersburg genome assembler
Pagina GitHub di metaSPAdes: https://github.com/ablab/spades
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
I possibili input utilizzabili sono:
- step_1PP_generated
- step_1PP_trimming
- step_1PP_hostdepl
- step_1PP_downsampling
- step_3TX_class
- step_4AN_AMR
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella di output
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella di output può essere esplorata cliccando sul link prodotto dalla pagina di download o sul link presente all'interno della scheda dell'analisi. La cartella verrà visualizzata con la seguente gerarchia: results > ANNO > ID > 1PP_generated > DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_metaspades. Nella cartella sarà possibile trovare le 2 directories:
- meta: ("metadata") in cui vengono salvati i files di log e di configurazione del processo eseguito.
- qc: ("quality check") in cui si trovano i files del controllo qualità. A sua volta in questa cartella sono presenti le cartelle meta e result. Per questo accertamento il controllo qualità viene eseguito con quast.
- result: in cui sono salvati i files con i risultati prodotti dall'analisi.
La tabella sottostante elenca i files prodotti da metaspades.
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_spades_contigs.fasta | file dei contigs del de novo assembly | cartella result |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_spades_scaffolds.fasta | file degli scaffolds | cartella result |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_spades_scaffolds_L200.fasta | file contenente gli scaffolds con lunghezza >200bp | cartella result |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_quast.csv | file delle statistiche di qualità dell'assembly | cartella qc > result |