QC fastqc
Introduzione
QC fastqc fa parte della sottocategoria di analisi per il controllo qualità (Quality Check, QC); essa esegue il software fastqc sulle raw reads o sulle reads trimmate, fornendo le relative statistiche di qualità.
Pagina ufficiale GitHub di FastQC: https://github.com/s-andrews/FastQC.
Lancia la pipeline FastQC
Nel sistema di lancio analisi, è possibile usare il filtro in alto per visualizzare esclusivamente le pipelines. Una volta selezionata la pipeline QC fastqc nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
Gli input utilizzabili sono le raw reads in formato fastq (interne o esterne) o le reads trimmate (o provenienti da analisi di preprocessamento):
- raw reads (step_0SQ_rawreads);
- reads trimmate (step_1PP_trimming);
- reads filtrate (step_1PP_filtering);
- reads fastq generate da un fasta (step_1PP_generated);
- reads deplete (step_1PP_hostdepl);
- downsampled reads (step_1PP_downsampling).
Nota: fastQC può essere eseguito su paired o unpaired reads. Nel primo caso, ciascun risultato di fastqc sarà prodotto per ognuna delle reads* e sarà contrassegnato dai suffissi "R1" ed "R2".
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
Una volta lanciata la pipeline, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo la pipeline, sia al termine dell'esecuzione.
Risultati
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
I files prodotti dalla pipeline QC fastqc saranno gli stessi prodotti dallo stesso tool all'interno delle analisi che lo usano, come software, per il controllo qualità. Per consultare i risultati di fastqc si invita quindi a fare riferimento alla tabella disponibile nel seguente link agli outputs di 1PP_trimming: