2AS_indexing
Introduzione
L'analisi 2AS_indexing esegue l'indicizzazione di Bowtie2 su un file FASTA, in modo da generare file di indice .bt2. I genomi reference che sono stati indicizzati possono essere selezionati come genomi di organismi ospite per la deplezione nell'analisi deplezione delle sequenze dell'ospite.
Lancia analisi 2AS_indexing
L'unico software che effettua l'indicizzazione è Bowtie2; gli utenti possono selezionarlo dopo aver scelto l'analisi 2AS_indexing nell'interfaccia del Lancia Analisi.
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata
L'input per il processo di indicizzazione è un file FASTA; di conseguenza, possono essere usate tutte le principali analisi che producano un file FASTA del genoma:
- step_2AS_import
- step_2AS_mapping
- step_2AS_denovo
Una volta lanciato il software, il sistema genererà un link alla sezione Controllo analisi e l'utente verrà notificato sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Nota: questa analisi viene usata per produrre i file necessari per la deplezione delle read dell'organismo ospite. Solo gli organismi per i quali questa analisi è stata lanciata ed importata, manualmente o automaticamente a seguito di upload da NCBI, saranno disponibili come genomi di organismi ospite per la deplezione delle read nell'analisi di host depletion.
Cartella dei risultati
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella dei risultati, Result folder, è accessibile cliccando sul link presente all'interno della scheda dell'analisi, nella sezione Dati risultato. All'interno della conseguente cartella results, è possibile trovare 2 sotto-cartelle:
- meta: (metadati) in cui vengono salvati i file di log e di configurazione del processo eseguito.
- result: in cui sono salvati i file con i risultati prodotti dall'analisi.
La tabella che segue elenca i file disponibili nella cartella dei risultati.
Bowtie:
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID.bt2 | file di indice di bowtie2 (.bt2) |
cartella "result" |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID.fasta | file fasta originario sul quale è stato eseguito l'indexing | cartella "result" |