4TY_lineage
Introduzione
L'analisi 4TY_lineage assegna il lineage per SARS-CoV2 e West Nile Virus ed è esclusivo per i campioni di tali virus.
Lancia analisi 4TY_lineage
Una volta selezionata l'analisi 4TY_lineage nella pagina dedicata al lancio di analisi, sarà possibile selezionare il software bioinformatico ("metodo") da usare tra quelli disponibili. I metodi utilizzabili per questa analisi sono:
Assegnazione del lineage di SARS-CoV2:
- Pangolin - Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages.
Pagina GitHub di pangolin: https://github.com/cov-lineages/pangolin.
Assegnazione del lineage di West Nile Virus:
- Westnile
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
I possibili input possono provenire da:
- step_2MG_denovo
- step_2AS_denovo
- step_2AS_mapping
- step_2AS_import
- step_1PP_hostdepl
- step_1PP_downsampling
- step_1PP_trimming
- step_1PP_filtering
Per il tool Westnile, l'unico input disponibile è il fasta da 2AS_mapping.
Sarà necessario specificare le sequenze di input - provenienti da un assembly de novo o da un mapping - e indicare il genoma reference utilizzato per il mapping, se quest'ultimo viene selezionato come input.
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella dei risultati
Per consultare la guida sul download dei file dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella dei risultati, Result folder, è accessibile cliccando sul link presente all'interno della scheda dell'analisi, nella sezione Dati risultato. All'interno della conseguente cartella results, è possibile trovare 2 sotto-cartelle:
- meta: (metadati) in cui vengono salvati i file di log e di configurazione del processo eseguito;
- result: in cui sono salvati i file con i risultati prodotti dall'analisi.
Pangolin
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_pangolin_lineage_report.csv | file .csv con l'assegnazione del lineage | cartella "result" |
Westnile
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_westnile_lineage.csv | file .csv con l'assegnazione del lineage | cartella "result" |