4TY_lineage
Introduzione
4TY_lineage assegna il lineage per SARS-CoV2 e West Nile Virus ed è esclusivo per i campioni di tali virus.
Lancia Analisi 4TY_lineage
Una volta selezionata l'analisi 4TY_lineage nella pagina dedicata al lancio di analisi, sarà possibile selezionare il software bioinformatico (anche detto "metodo") da usare tra quelli disponibili per l'analisi. I metodi utilizzabili per questo accertamento sono:
Assegnazione del lineage di SARS-CoV2:
- pangolin - Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages
Pagina GitHub di pangolin: https://github.com/cov-lineages/pangolin
Assegnazione del lineage di West Nile Virus:
- Westnile - West Nile virus lineage calculation
L'interfaccia per la selezione dell'input mette inoltre a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
I possibili input utilizzabili per 4TY_lineage sono:
- step_2MG_denovo
- step_2AS_denovo
- step_2AS_mapping
- step_2AS_import
- step_1PP_hostdepl
- step_1PP_downsampling
- step_1PP_trimming
- step_1PP_filtering
Per il tool Westnile l'unico input disponibile è il fasta da 2AS_mapping.
Sarà necessario specificare le sequenze di input provenienti da de novo assembly o da mapping e il genoma reference usato per il mapping, nel caso venga selezionato quest'ultimo come input.
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di visualizzare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Cartella di output
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella di output può essere esplorata cliccando sul link prodotto dalla pagina di download o sul link presente all'interno della scheda dell'analisi. La cartella verrà visualizzata con la seguente gerarchia: results > ANNO > ID > 4TY_lineage > DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_pangolin, dove il suffisso "_pangolin" viene sostituito da "_westnile" nel caso sia stato scelto quest'ultimo come tool. Nella cartella sarà possibile trovare 2 directories:
- meta: ("metadata") in cui vengono salvati i files di log e di configurazione del processo eseguito.
- result: in cui sono salvati i files con i risultati prodotti dall'analisi.
Pangolin
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_pangolin_lineage_report.csv | file csv con l'assegnazione del lineage | cartella result |
Westnile
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_westnile_lineage.csv | file csv con l'assegnazione del lineage | cartella result |
| DSXXXXXXXX-DTXXXXXX_ID_westnile_lineage_summary.csv | tabella csv riassuntiva | cartella result |