VCF2MST
Introduzione
VCF2MST costruisce un albero filogenetico di tipo Minimum Spanning Tree (MST) a partire da file VCF contenenti Polimorfismi a Singolo Nucleotide (SNPs), senza ricorrere ainferenze filogenomiche basate sull'allineamento delle sequenze.
Il programma costruisce il Minimum Spanning Tree basandosi sulle distanze di Hamming, che misurano il numero di sostituzioni necessarie perchè una sequenza (stringa) si trasformi in un'altra.
Maggiori informazioni sul software sono reperibili nella pagina GitHub di "VCF2MST - Hamming Distance based Minimum Spanning Tree from Samples vcf using graptree" o consultandone l'articolo.
Lancia analisi VCF2MST
Una volta selezionata l'analisi VCF2MST nella pagina dedicata al lancio di analisi, il sistema passerà ad un'interfaccia di conferma.
L'interfaccia per la selezione dell'input mette a disposizione la modalità di selezione input avanzata, per permettere l'utilizzo di input processati da metodi diversi, usati a monte nel flusso di analisi.
I possibili input per VCF2MST ricadono nella categoria step_2AS_mapping. Nella schermata di selezione input sarà anche presente un campo per il genoma reference (il reference viene inserito automaticamente).
Una volta lanciata l'analisi, la pagina genererà un link alla sezione Controllo analisi, per permettere di verificare lo stato del processo. L'utente verrà notificato dal sistema sia una volta lanciata con successo l'analisi, sia al termine dell'esecuzione.
Dalla scheda dell'analisi completata è possibile, oltre all'esplorazione della cartella dei risultati, anche la visualizzazione dell'albero .nwk tramite l'integrazione SPREAD in GenPat e l'accesso diretto al file .nwk ed ai metadati.
Cartella dei risultati
Per consultare la guida sul download dei files dalla piattaforma si faccia riferimento all'apposita pagina.
La cartella dei risultati, Result folder, è accessibile cliccando sul link presente all'interno della scheda dell'analisi, nella sezione Dati risultato. All'interno della conseguente cartella results, è possibile trovare 2 sotto-cartelle:
- meta: ("metadati") in cui vengono salvati i file di log e di configurazione del processo eseguito.
- result: in cui sono salvati i file con i risultati prodotti dall'analisi.
La tabella in basso riporta alcune informazioni sul file di output prodotto da VCF2MST.
| File | Descrizione | Posizione |
|---|---|---|
| tree.nwk | file dell'albero MST in formato .nwk (newick) | cartella "result" |