ReporTree VCF
Introduzione
ReporTree-VCF è un'implementazione di ReporTree che permette all'utente di usare come input il formato variant calling (VCF), disponibile per ReporTree, per produrre una matrice ed un grafico di distanza tra microrganismi.
L'albero viene costruito con l'algoritmo "Minimum Spanning Tree" (MSTree o MST).
Pagina github di ReporTree: https://github.com/insapathogenomics/ReporTree
Una volta calcolato l'albero, è possibile visualizzarlo direttamente in piattaforma (usando SPREAD) tramite il sistema integrato di visualizzazione dendrogrammi, accessibile dalla scheda dell'analisi completata.
Lancia analisi ReporTree-VCF
Il file di input VCF può essere prodotto con l'analisi 2AS_mapping eseguita con Snippy o Ivar.
Si noti che, nonostante anche la pipeline Snippy-core produca il file VCF, trattandosi di un'analisi multicampione, non è possibile importarla; di conseguenza, non si possono usare i file da essa prodotti come input per ReporTree-VCF.
Per ogni altro uso e caratteristica, l'analisi ed il procedimento sono identici alle altre istanze di ReporTree in piattaforma. Si rimanda quindi alla pagina principale per ReporTree.