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ReporTree MA
Introduzione
ReporTree-MA è un'implementazione di ReporTree che permette all'utente di usare, come input, il file FASTA del multiallineamento, disponibile per ReporTree, per produrre una matrice ed un grafico di distanza tra microrganismi.
L'albero viene costruito con l'algoritmo "Minimum Spanning Tree" (MSTree o MST).
Pagina github di ReporTree: https://github.com/insapathogenomics/ReporTree
Una volta calcolato l'albero, è possibile visualizzarlo direttamente in piattaforma (usando SPREAD) tramite il sistema integrato di visualizzazione dendrogrammi, accessibile dalla scheda dell'analisi completata.
Il file di multiallineamento viene prodotto direttamente da ReporTree usando, come input, i singoli file FASTA dei campioni. I possibili input sono, quindi:
- step_2AS_mapping
- step_2AS_denovo
- step_2AS_hybrid
- step_2AS_import
Per ogni altro uso e caratteristica, l'analisi ed il procedimento sono identici alle altre istanze di ReporTree disponibili in piattaforma. Si rimanda, quindi, alla pagina principale per ReporTree.